结论：原告持有土地使用权证的情况下，被告因历史原因占有使用土地，原告能否要求返还，需视具体情况而定，包括土地使用权证的合法性、被告占有使用的性质及历史原因的合理性等。
一、土地使用权证的合法性是关键
合法有效的土地使用权证：
- 若原告持有的土地使用权证是合法有效的，即经过了相关部门的审批和登记，那么原告对土地享有合法的使用权。
- 在此情况下，被告无合法依据占有使用土地，原告有权要求被告返还土地。
土地使用权证存在瑕疵：
- 若原告的土地使用权证存在瑕疵，如未经合法审批、登记程序不合法等，那么其土地使用权的合法性可能受到质疑。
- 此时，被告可能主张其占有使用土地具有合理性，原告要求返还土地的请求可能得不到支持。
二、被告占有使用的性质及历史原因的合理性
被告占有使用具有合法依据：
- 若被告占有使用土地是基于合法的租赁、借用等关系，且这些关系在土地使用权证颁发前已存在并持续至今，那么被告可能享有合法的占有使用权。
- 在此情况下，原告要求返还土地的请求可能因被告享有合法占有权而得不到支持。
历史原因形成的占有使用：
- 若被告占有使用土地是历史原因形成的，如长期居住、使用等，且这些历史原因具有一定的合理性和正当性，那么法院在处理此类纠纷时可能会考虑这些因素。
- 法院可能会根据实际情况，平衡原告的土地使用权和被告的历史占有使用权益，作出合理的判决。例如，可能会判决被告继续占有使用土地，但需向原告支付一定的使用费或补偿费。
三、法律建议及可能的法律后果
法律建议：
- 原告应首先确认其土地使用权证的合法性和有效性。
- 若土地使用权证合法有效，原告可与被告协商解决纠纷，如无法协商，可向法院提起诉讼要求返还土地。
- 在诉讼过程中，原告应提供充分的证据证明其土地使用权的合法性和被告占有使用的非法性。
可能的法律后果：
- 若法院认定原告的土地使用权合法有效且被告无合法依据占有使用土地，那么法院可能会判决被告返还土地给原告。
- 若法院认定被告占有使用土地具有合法依据或历史原因形成的合理性，那么法院可能会判决驳回原告的诉讼请求或作出其他合理的判决。
举例说明：假设原告持有一块农村宅基地的土地使用权证，该证经过合法审批和登记。被告因历史原因（如长期居住）占有使用该宅基地。在此情况下，原告要求返还土地的请求可能因被告的历史占有使用权益而得到部分支持或不被支持。法院可能会根据实际情况，判决被告继续占有使用宅基地的一部分或全部，但需向原告支付一定的使用费或补偿费。
进一步思考：在处理此类纠纷时，除了考虑土地使用权证的合法性和被告占有使用的性质外，还应考虑双方当事人的实际情况和利益平衡。例如，若被告因历史原因长期居住在土地上且无其他住所，那么法院在判决时可能会更加谨慎地考虑被告的权益。因此，在处理此类纠纷时，建议双方当事人充分沟通、协商，并寻求专业的法律帮助以达成合理的解决方案。
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