在处理公司出借资金，且由法定代表人签订借款协议的情况下，仲裁主体的确定主要依赖于借款协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
协议约定优先：
- 若借款协议中明确约定了仲裁条款：即双方同意在发生争议时，通过仲裁方式解决，并指定了具体的仲裁机构，那么仲裁主体就是协议中约定的双方当事人，即出借资金的公司和借款方。在这种情况下，仲裁机构将依据协议中的仲裁条款进行裁决。
- 若借款协议中未约定仲裁条款：或者约定的仲裁条款无效（如未指定仲裁机构、仲裁事项超出法律规定的仲裁范围等），则双方不能通过仲裁方式解决争议，而应考虑通过诉讼等其他方式解决。
法定代表人签订协议的影响：
- 法定代表人作为公司的法律代表，其签订借款协议的行为通常视为公司行为。因此，在协议有效且约定了仲裁条款的情况下，仲裁主体仍然是公司（作为出借方）和借款方。
- 需要注意的是，如果法定代表人超越权限签订协议，且相对方知道或应当知道其超越权限，那么该协议可能对公司不产生效力。但在仲裁主体的确定上，这并不改变协议中约定的双方当事人作为仲裁主体的地位，只是可能影响协议的效力及仲裁裁决的执行。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议应当具有选定的仲裁委员会、请求仲裁的意思表示以及仲裁事项等内容。如果借款协议中的仲裁条款符合这些要求，那么仲裁主体就是协议中约定的双方。
- 同时，根据《中华人民共和国公司法》的规定，公司法定代表人以公司名义从事的民事活动，其法律后果由公司承受。因此，在法定代表人签订借款协议的情况下，仲裁主体仍然是公司。
法律建议：
- 在签订借款协议时，建议明确约定仲裁条款，包括选定的仲裁机构、仲裁事项以及仲裁规则等，以避免在发生争议时因仲裁条款不明确而产生纠纷。
- 如果协议中未约定仲裁条款或约定的仲裁条款无效，双方应及时协商补充或修改协议，或者考虑通过诉讼等其他方式解决争议。
- 在处理涉及公司法定代表人的借款协议时，建议对法定代表人的权限进行审查，以确保其签订协议的行为在公司授权范围内。
可能产生的法律后果：
- 如果双方未约定仲裁条款或约定的仲裁条款无效，且无法通过协商达成补充协议，那么双方可能需要通过诉讼方式解决争议，这将可能增加解决争议的时间和成本。
- 如果仲裁裁决作出后，一方不履行裁决义务，另一方可以向人民法院申请强制执行。但如果仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销，那么执行申请可能会被驳回。
综上所述，仲裁主体的确定主要依赖于借款协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。