核心前提：工程项目部经理存在多给工人打考勤的行为，该行为可能涉及考勤管理不规范、利益输送或违反公司规定、法律法规等问题。

结论前置：针对工程项目部经理多给工人打考勤的问题，需从公司内部管理、法律风险防范及具体处理措施三个角度综合分析和应对。

1. 公司内部管理角度

   • 制度完善：公司应建立明确的考勤管理制度，规定考勤记录的流程、审批权限及责任划分，确保考勤数据的真实性和可追溯性。例如，要求考勤记录需经项目经理、财务部门及工人本人三方确认，避免单方面操作。
     
   • 监督机制：设立内部审计或监察部门，定期核查考勤记录与实际出勤情况（如通过门禁系统、工作记录等交叉验证），对异常考勤进行调查。若发现经理滥用职权，可依据公司规定给予警告、调岗或解除劳动合同等处罚。
     
   • 技术手段：采用电子考勤系统（如指纹、人脸识别），减少人为篡改可能，同时保留原始数据作为证据。

2. 法律风险防范角度

   • 劳动法合规：若多打考勤导致工人工资虚增，可能涉及《劳动法》中“以欺诈手段骗取劳动报酬”的问题。公司有权要求工人退还多领工资，并可追究经理的连带责任。
     
   • 职务侵占风险：若经理通过虚增考勤套取公司资金（如与工人合谋分赃），可能构成《刑法》中的职务侵占罪，公司应及时向公安机关报案。
     
   • 合同纠纷预防：在劳动合同或项目协议中明确考勤与工资结算的挂钩规则，避免因考勤争议引发劳动仲裁或诉讼。

3. 具体处理措施

   • 调查取证：收集考勤记录、工资发放凭证、工人出勤证据（如工作日志、监控录像）等，形成完整证据链。
     
   • 沟通整改：与经理及涉事工人面谈，要求其说明情况并退还非法所得；若拒不配合，可依据公司制度或法律途径解决。
     
   • 法律追责：对情节严重的行为（如金额较大、涉及多人），公司可向法院提起民事诉讼，要求赔偿损失；若涉嫌犯罪，直接向公安机关报案。

建议：公司应优先通过内部管理解决问题，若发现可能涉及违法犯罪，需及时启动法律程序。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或风险评估。