结论：员工在未获批准的情况下自行休假两天，是否会被认定为旷工，取决于公司的具体规章制度以及该制度是否合法有效。若公司规章制度明确规定未经批准擅自休假视为旷工，且该制度合法，则员工的行为很可能被认定为旷工。
一、公司规章制度的角度
规章制度的内容：
- 公司通常会在员工手册或相关规章制度中明确规定休假流程和未经批准擅自休假的后果。
- 如果规章制度中明确指出，未经批准擅自休假将视为旷工，并可能伴随相应的处罚措施，那么员工的行为就可能构成旷工。
规章制度的合法性：
- 规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。
- 如果规章制度的内容或制定程序违反了法律、行政法规或政策的规定，那么该规章制度可能被视为无效，员工的行为也就不一定构成旷工。
二、员工行为的角度
员工的知情权：
- 员工在入职时，公司应当向其明确告知公司的规章制度和休假政策。
- 如果员工在不知情的情况下自行休假，且公司未能提供充分的证据证明已向员工告知了相关规定，那么员工的行为可能不被认定为旷工。
员工的沟通义务：
- 员工在需要休假时，应当按照公司的规定提前申请并获得批准。
- 如果员工未按照规定申请休假，而是自行决定休假，那么其行为可能构成违反公司规章制度，从而被认定为旷工。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果员工的行为被认定为旷工，公司可能根据规章制度对其进行处罚，包括但不限于警告、罚款、扣减工资、解除劳动合同等。
- 同时，员工也可能因此失去相应的工资和福利待遇。
建议：
- 对于员工：在需要休假时，务必按照公司的规定提前申请并获得批准。如果遇到特殊情况无法提前申请，也应及时与公司沟通并说明情况。
- 对于公司：应制定合法有效的规章制度，并明确告知员工。在处理员工擅自休假的情况时，应依法依规进行，避免侵犯员工的合法权益。
四、实际操作中的注意事项
- 在实际操作中，公司应确保规章制度的制定和执行都符合法律法规的规定。
- 员工在入职时应仔细阅读并理解公司的规章制度和休假政策，如有疑问应及时向公司咨询。
- 如果员工认为公司的规章制度或处理方式存在违法行为，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结：员工在未获批准的情况下自行休假两天，是否会被认定为旷工，取决于公司的具体规章制度以及该制度是否合法有效。因此，建议员工在需要休假时务必按照公司的规定进行申请，并确保与公司的沟通畅通无阻。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。