结论：公益二类事业编制人员的工资由企业发放是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 编制性质与工资发放主体

• 公益二类事业单位：通常指承担一定公益服务职能，但可通过市场配置资源的事业单位（如高校、医院等）。其编制人员工资原则上应由财政或单位自筹资金发放，而非企业。
• 企业发放工资的合法性：若事业编制人员与企业存在合法劳动关系（如兼职、项目合作等），且企业发放的工资符合劳动合同约定及法律规定，则不违法。但若企业直接替代事业单位发放编制内人员工资，可能涉及编制管理违规或财政资金使用不当。

2. 可能存在的违法情形

• 编制管理违规：事业编制人员的工资发放需符合编制管理规定。若企业未经批准擅自发放编制内人员工资，可能违反《事业单位人事管理条例》中关于编制使用和工资发放的规定。
• 财政资金违规：若企业发放的工资实际来源于财政资金（如通过项目合作、补贴等形式），但未按规定程序审批或使用，可能涉及财政资金违规支出。
• 劳动关系混淆：若事业编制人员与企业建立劳动关系，但未解除与事业单位的编制关系，可能同时领取两份工资，违反《公务员法》或《事业单位工作人员处分暂行规定》中关于“双重劳动关系”的限制。

3. 合法情形与例外

• 合法兼职或项目合作：若事业编制人员经单位同意，与企业签订兼职合同或项目合作协议，且工资发放符合合同约定及税法规定，则合法。
• 企业化运作的事业单位：部分公益二类事业单位可能通过企业化运作（如设立下属公司）发放工资，但需确保编制管理、工资发放程序合法合规。

4. 法律建议

• 核查编制与劳动关系：确认事业编制人员是否与企业存在合法劳动关系，以及工资发放是否符合编制管理规定。
• 审查资金来源：若工资涉及财政资金，需核查是否按规定程序审批和使用。
• 咨询主管部门：建议事业单位或企业向编制管理部门、财政部门或人社部门咨询具体政策，确保合规。

5. 可能的法律后果

• 行政处分：若违反编制管理或财政资金使用规定，相关人员可能面临警告、记过、降级等行政处分。
• 经济处罚：若涉及财政资金违规支出，可能被要求追回资金，并承担相应经济责任。
• 劳动争议：若劳动关系混淆导致纠纷，可能引发劳动仲裁或诉讼。

总结：公益二类事业编制人员的工资由企业发放是否违法，需结合编制性质、劳动关系、资金来源等因素综合判断。建议相关单位或个人在操作前充分咨询主管部门，确保合规。如有具体问题，可直接向我咨询。