承租人改变土地用途，一般先由土管局（自然资源主管部门）进行行政处罚，而非直接由法院处理，但在特定情况下可能涉及法院诉讼程序。具体分析如下：

1. 土管局的行政处罚权
   根据《中华人民共和国土地管理法》第八十条及《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十七条，若承租人未经批准擅自改变土地用途（如将工业用地改为商业用地），自然资源主管部门（原国土资源局，现统称土管局）有权责令限期改正、没收违法所得，并处罚款。例如，若承租人未办理变更登记手续即改变用途，土管局可依据上述法规直接作出行政处罚决定。

2. 法院的介入情形
   法院通常不直接处理改变土地用途的违法行为，但可能在以下两种情况下介入：

   • 行政诉讼：若承租人对土管局的处罚决定不服（如认为处罚过重或程序违法），可向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更处罚。此时法院将审查行政行为的合法性。
     
   • 民事或刑事诉讼：若改变用途行为导致他人权益受损（如相邻土地权利人），受害人可能提起民事诉讼要求赔偿；若行为构成非法转让土地使用权罪（如以牟利为目的转让土地），则可能触发刑事诉讼，由公安机关立案侦查，法院最终审判。

建议：若您作为承租人面临此类问题，首先应配合土管局的调查，及时补办用途变更手续或恢复原状；若已收到处罚决定，需在法定期限内（通常为6个月）决定是否提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对策略。