是的，对于未批先建并投入生产的企业，相关监管部门有权责令其停止生产。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据与监管权力

根据我国环境保护相关法律法规，企业在开展建设项目前，必须依法进行环境影响评价，并获得相关部门的批复。若企业未批先建，即未获得环评批复便擅自开工建设并投入生产，这明显违反了法律规定。在此情况下，环保部门等监管机构有权依据相关法律法规，对企业采取责令停止生产等行政措施，以纠正违法行为并保护环境。

二、实际案例佐证

以内蒙古新井煤业有限公司为例，该公司存在未批先建和未落实环评要求的问题。具体来说，该公司在未获得90万吨/年技改项目环评批复前，便擅自动工建设变更项目。环保部门在调查发现后，责令其停止建设并补办环评手续。尽管公司进行了整改并最终获得了环评批复，但这一案例充分说明了对于未批先建的企业，监管部门是有权并会采取责令停止生产等措施的。

三、法律后果与责任

企业若未批先建并投入生产，不仅可能面临环保部门的责令停止生产等行政处罚，还可能承担因违法行为导致的民事责任和刑事责任。例如，若企业的违法行为对环境造成了严重污染或破坏，可能需要承担环境修复费用、赔偿损失等民事责任；若情节严重构成犯罪的，还可能被追究刑事责任。

四、建议与措施

对于企业而言，为了避免因未批先建而面临的法律风险和责任，应当严格遵守相关法律法规，在开展建设项目前依法进行环境影响评价并获得相关部门的批复。同时，企业也应加强内部管理，确保各项环保措施得到有效执行，以维护企业的合法权益和可持续发展。

总结来看，未批先建并投入生产的企业确实可能面临被责令停止生产的法律后果。因此，企业应当严格遵守相关法律法规，确保建设项目的合法性和环保性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。