在交通肇事案件中，检察院决定是否起诉会依据《中华人民共和国刑事诉讼法》《人民检察院刑事诉讼规则》等相关法律法规进行综合判断。若存在以下情形，检察院可能作出不起诉决定，这些情形可归纳为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三类：
法定不起诉（绝对不起诉）
情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：
- 若交通事故虽发生，但后果轻微，如仅造成车辆轻微刮蹭，未有人员伤亡，且对公共安全的危害程度极低，不构成犯罪，则检察院应作出不起诉决定。
犯罪已过追诉时效期限的：
- 交通肇事罪的追诉时效根据法定最高刑确定。例如，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年即不再追诉。若案件已过追诉时效，检察院应决定不起诉。
经特赦令免除刑罚的：
- 若交通肇事犯罪人获得国家特赦令，免除其刑罚的全部或部分执行，则检察院应不起诉。
犯罪嫌疑人、被告人死亡的：
- 在检察院审查起诉阶段，若犯罪嫌疑人死亡，追究刑事责任的对象不存在，检察院应作出不起诉决定。
其他法律规定免予追究刑事责任的：
- 若其他法律明确规定某些交通肇事行为可免予追究刑事责任，检察院亦应依此决定不起诉。例如，因不可抗力等无法预见、避免的情况导致事故发生，且无主观过错。
酌定不起诉（相对不起诉）
具有法定从轻、减轻情节：
- 自首：交通肇事后，犯罪嫌疑人主动投案并如实供述罪行，构成自首，检察院可根据具体情况决定是否不起诉。
- 立功：犯罪嫌疑人有揭发他人犯罪行为、提供重要线索等立功表现，检察院可酌情考虑不起诉。
- 积极赔偿并取得谅解：犯罪嫌疑人在交通肇事后，积极赔偿被害人经济损失，真诚悔罪，并取得被害人或其家属的谅解，检察院可能认为犯罪情节轻微，不需判处刑罚，从而作出不起诉决定。
犯罪情节本身较轻：
- 犯罪嫌疑人虽构成交通肇事罪，但情节相对较轻，如负次要责任且后果不严重，检察院可能认为不需判处刑罚而作出不起诉决定。例如，初犯、偶犯，且主观恶性较小，平时表现良好，交通肇事系因疏忽大意等偶发原因造成，事后积极补救。
证据不足不起诉
- 关键证据缺失：如无法确定事故发生时车辆的行驶速度、轨迹等关键事实，或缺乏证明犯罪嫌疑人违反交通运输管理法规行为的证据，检察院可能因证据不足而不起诉。
- 证据之间存在矛盾：如不同证人的证言相互矛盾，或现场勘查笔录与鉴定意见不一致，且无法通过合理方式排除矛盾，导致无法形成完整证据链条，证明犯罪嫌疑人构成交通肇事罪，检察院也可能作出不起诉决定。
总结与建议：检察院在决定是否起诉交通肇事罪时，会综合考虑案件的具体情况、法律规定以及社会公共利益等因素。若案件不符合起诉条件或存在上述特殊情况，检察院将依法作出不起诉的决定。作为犯罪嫌疑人或其家属，在面临此类情况时，应积极配合调查，提供有利证据，争取从轻或减轻处理。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自身权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。