结论前置：公司与民政局解除合作协议后，原有员工的处理需根据劳动合同签订主体、协议解除原因及员工个人意愿综合判断，具体分为以下三种情况：

1. 员工劳动合同与民政局签订

若员工直接与民政局签订劳动合同，合作协议解除后，民政局作为用人单位需履行劳动法义务：

• 继续履行合同：若民政局仍需相关岗位服务（如养老、救助等），可与员工协商调整工作地点或内容，保持劳动关系存续。
  
• 协商解除合同：民政局可依据《劳动合同法》第36条与员工协商一致解除合同，并支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
  
• 单方解除合同：若员工存在《劳动合同法》第39条情形（如严重违纪、失职造成重大损失等），民政局可依法解除合同且无需支付补偿。
  

法律依据：

• 《劳动合同法》第40条（客观情况重大变化解除）、第46条（经济补偿情形）。
  
• 民政局作为行政机关，解除合同需符合《公务员法》或《事业单位人事管理条例》中关于人员编制管理的规定（如涉及编内人员）。

2. 员工劳动合同与公司签订

若员工与公司签订劳动合同，合作协议解除后，公司需承担用人单位责任：

• 内部调岗：公司可与员工协商调整至其他岗位或项目，保持劳动关系。
  
• 协商解除合同：公司可依据《劳动合同法》第36条与员工协商解除，并支付经济补偿金。
  
• 单方解除合同：公司需符合《劳动合同法》第40条（如不能胜任工作经培训或调岗后仍不能胜任）、第41条（经济性裁员）等法定情形，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（经济补偿金的2倍）。
  

风险提示：

• 若公司未提前30日书面通知解除合同，需额外支付1个月工资（代通知金）。
  
• 员工若拒绝调岗且无合法解除理由，公司强行解除可能面临劳动仲裁败诉风险。

3. 员工劳动合同与第三方机构签订（如劳务派遣）

若员工通过劳务派遣公司派遣至合作项目工作，合作协议解除后：

• 退回派遣公司：用工单位（公司或民政局）可将员工退回派遣公司，由派遣公司重新安排工作或协商解除合同。
  
• 派遣公司责任：派遣公司需按《劳务派遣暂行规定》第12条处理，若未重新派遣导致合同解除，需支付经济补偿金。
  

关键点：

• 员工实际用工单位变更不影响其与派遣公司的劳动关系，补偿责任由派遣公司承担。

实务建议

1. 核查合同主体：优先确认员工劳动合同的相对方（民政局、公司或派遣公司），明确责任主体。
   
2. 协商优先：无论哪方解除合同，均建议通过协商降低纠纷风险，保留书面协议作为证据。
   
3. 关注特殊群体：若员工为工伤职工、孕期/产期/哺乳期女职工等，解除合同需符合《劳动合同法》第42条保护性规定，否则可能被认定违法。
   

如有进一步细节（如解除协议的具体条款、员工工龄、岗位性质等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供针对性方案。