在承包方变更了施工，而业主接受工程并未提出异议的情况下，结算问题应当依据合同约定及相关法律规定来处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同约定优先
审查合同条款：
- 首先，需要仔细审查施工合同中关于施工变更、结算方式、价款调整等条款的约定。合同是双方权利义务的基础，如果合同中有明确约定，则应按照合同约定执行。
变更条款的适用：
- 如果合同中规定了施工变更的程序和结算方式，如变更需经双方书面确认、变更部分的价款如何计算等，那么应严格按照这些条款来操作。
二、法律规定补充
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》中关于建设工程合同的规定，如果合同中没有约定或者约定不明确，可以参照相关政府指导价或者市场价格进行结算。同时，如果因变更导致工程量增加或者减少，双方应当协商确定变更后的价款。
公平原则：
- 在没有合同约定或者合同约定不明确的情况下，应当遵循公平原则，根据变更的实际情情况和行业惯例来确定结算方式。这包括考虑变更部分的工程量、材料价格、人工费用等因素。
三、实际操作建议
书面确认变更：
- 尽管业主已经接受工程并未提出异议，但为了保障双方权益，建议承包方与业主就施工变更部分进行书面确认，明确变更的内容、价款以及结算方式等。
协商解决：
- 如果双方在结算问题上存在分歧，应当首先通过协商来解决。协商过程中，可以邀请第三方机构或者专业人士进行评估和调解，以达成双方都能接受的结算方案。
法律途径：
- 如果协商无果，双方可以依据合同约定或者相关法律规定，通过仲裁或者诉讼等法律途径来解决结算纠纷。在此过程中，需要准备充分的证据来支持自己的主张。
四、可能的风险与防范
风险点：
- 承包方可能面临的风险包括业主拒不认可变更部分、拖延结算时间或者压低结算价款等。
防范措施：
- 为了防范这些风险，承包方应当在施工过程中及时与业主沟通变更情况，保留好相关证据（如变更通知、确认单、照片等），并在合同中明确约定变更部分的结算方式和时间节点。
综上所述，在承包方变更了施工而业主接受工程并未提出异议的情况下，结算问题应当首先依据合同约定来处理；如果合同中没有约定或者约定不明确，则应当参照相关法律规定和行业惯例来确定结算方式。在实际操作过程中，建议承包方与业主保持密切沟通，及时书面确认变更情况，并协商解决结算问题。如有必要，可以寻求法律途径来维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。