结论：交通事故中，单位因未申请工伤而承担的医疗费，在符合一定条件下，是可以向肇事方索赔的。
一、法律关系分析
工伤与交通事故的竞合：
- 当员工在上下班途中或因工作原因遭受交通事故时，可能同时构成工伤和交通事故侵权。此时，员工或其单位有权选择通过工伤保险途径或交通事故侵权途径来获得赔偿。
单位未申请工伤的责任：
- 如果单位未在规定时间内为员工申请工伤认定，导致员工无法享受工伤保险待遇，单位可能需要承担相应的医疗费用等赔偿责任。但这并不意味着单位因此就丧失了向肇事方追偿的权利。
二、向肇事方索赔的法律依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，因第三人造成的人身损害，受害人有权向第三人请求赔偿。在交通事故中，肇事方即为第三人。
索赔条件：
- 肇事方存在过错：即肇事方因违反交通法规或其他原因导致事故发生，应承担相应的赔偿责任。
- 单位已承担医疗费用：单位因未申请工伤而实际承担了员工的医疗费用，这是向肇事方索赔的前提。
- 索赔程序合法：单位应通过合法途径向肇事方提出索赔要求，如协商、调解、诉讼等。
三、索赔流程与注意事项
索赔流程：
- 收集证据：包括事故认定书、医疗费用单据、员工身份证明等。
- 与肇事方协商：尝试与肇事方就赔偿事宜进行协商，达成赔偿协议。
- 提起诉讼：如果协商无果，单位可以向法院提起诉讼，要求肇事方赔偿医疗费用等损失。
注意事项：
- 及时索赔：单位应在知道或应当知道权利被侵害之日起一定期限内（如诉讼时效期间）向肇事方提出索赔要求。
- 保留证据：单位应妥善保管与事故相关的所有证据，以便在索赔过程中使用。
- 合理索赔：单位在索赔时应根据实际情况合理确定赔偿金额，避免过高或过低的索赔要求。
四、特殊情况下的处理
肇事方逃逸或无力赔偿：
- 如果肇事方逃逸或无力赔偿，单位可能无法直接从肇事方获得赔偿。此时，单位可以考虑通过其他途径（如商业保险、社会救助等）来减轻负担。
单位与员工之间的协议：
- 如果单位与员工之间有关于工伤赔偿的特别协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么单位在向肇事方索赔时应遵循该协议的约定。
总结与建议：在交通事故中，如果单位因未申请工伤而承担了员工的医疗费用，且肇事方存在过错，那么单位在符合一定条件下是可以向肇事方索赔的。建议单位在处理此类事件时，及时咨询专业律师，以确保索赔过程的合法性和有效性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。