未在岗期间由他人顶替工作，工资的计算需根据具体情形和法律规定来确定，以下分情况说明：
若员工因合法原因（如病假、事假、产假等）未在岗，且已按公司规定履行请假手续：
- 在此期间，员工的工资通常按照其请假类型对应的工资支付规定来执行。例如，病假工资可能按照当地最低工资标准的一定比例支付；事假期间，公司可能不支付工资；产假期间，员工则享有生育津贴或公司按约定支付的工资。
- 至于顶替工作的员工，其工资应由公司根据其实际工作情况、岗位价值及公司薪酬制度来单独计算和支付，与原员工的工资无直接关联。
若员工未经批准擅自离岗，由他人顶替工作：
- 这种情况下，员工可能构成旷工，公司有权根据规章制度对其旷工行为进行处理，包括但不限于扣发工资、警告、甚至解除劳动合同。
- 顶替工作的员工，其工资同样由公司根据其实际工作情况来支付。但需要注意的是，如果顶替行为是公司安排的，那么公司应确保顶替员工的工资支付合法合规；如果是员工私自安排他人顶替，则可能涉及违反公司规定或劳动合同约定，公司有权追究相关责任。
若员工与顶替者之间存在私下交易或协议：
- 这种情况下，员工与顶替者之间的协议并不影响公司对员工工资的支付义务。公司仍应按照劳动合同和公司规定向员工支付工资（或根据请假情况调整）。
- 如果员工与顶替者之间的交易涉及公司利益或违反公司规定，公司有权进行调查并采取相应的管理措施。
建议：
- 对于员工而言，应严格遵守公司规定和劳动合同约定，按时在岗工作或履行请假手续。
- 对于公司而言，应建立健全的薪酬管理制度和请假制度，明确工资支付标准和请假流程，以确保工资支付的合法性和合规性。
- 如果在工资计算或支付过程中遇到争议或问题，建议及时咨询专业律师或劳动仲裁机构以维护自身合法权益。
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