公司以员工自离为由不发工资是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第九条也明确指出，在劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位有义务在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这些法规为劳动者的工资权益提供了坚实的法律保障。

自离情况分析

自动离职（即“自离”）通常指的是劳动者未向用人单位提前通知，擅自离开工作岗位和所在单位的行为。尽管这种行为可能违反了公司的规章制度以及劳动合同中关于离职程序的约定，但这并不构成公司拒绝支付工资的合法理由。因为劳动者一旦为公司提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。公司不能因员工选择了不当的离职方式而剥夺其获取工资的权利。

特殊情况说明

如果员工的自离行为给公司造成了直接经济损失，公司可以依据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，要求员工赔偿经济损失。但需要注意的是，从员工工资中扣除的赔偿部分每月不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

应对措施与建议

面对公司以自离为由不发工资的情况，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 协商解决：首先尝试与公司进行友好协商，明确表达自己对工资权益的诉求，并寻求双方都能接受的解决方案。
2. 投诉与仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并督促公司支付工资。此外，您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径来维护自己的工资权益。
3. 提起诉讼：若对仲裁结果不满意，您还可以在规定时间内向法院提起诉讼，通过法律途径进一步维护自己的合法权益。

注意事项

在维权过程中，您要注意收集能证明劳动关系和工作时间的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等。这些证据将有助于您更好地维护自己的合法权益。

综上所述，公司以员工自离为由不发工资是违法的。劳动者在为公司提供劳动后，有权获得相应的劳动报酬。即使发生自动离职的情况，公司也应当按劳动者实际出勤天数及劳动合同约定的工资标准支付工资。如遇此类纠纷，您可以依法采取相应措施来维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。