企业实际控制人犯侵占罪及虚开增值税发票罪，应当数罪并罚。具体分析如下：

一. 数罪并罚的判定

1. 侵占罪与虚开增值税发票罪的性质：侵占罪是指将他人所有自己占有的财物变成自己所有，而虚开增值税发票罪则是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票之一的犯罪行为。两者分别侵犯了不同的法益，具有不同的犯罪构成。

2. 数罪并罚的原则：数罪并罚是指对同一人犯数罪的合并处罚制度。根据刑法原则，如果一个人的行为构成多个犯罪，且这些犯罪之间不存在牵连关系，即某种手段不是通常用于某种犯罪，那么应当对这些犯罪分别定罪量刑，然后按照数罪并罚的原则决定执行的刑罚。

3. 案例支持：在(2016)沪01刑终1578号翁意晴职务侵占罪一案中，法院认为虚开增值税专用发票罪与职务侵占罪之间不存在通常的手段与目的关系，因此对数罪并罚。这一案例支持了企业实际控制人犯侵占罪及虚开增值税发票罪应当数罪并罚的观点。

二. 法律依据

• 《中华人民共和国刑法》的相关规定：虽然未直接提及侵占罪与虚开增值税发票罪数罪并罚的条款，但根据刑法的数罪并罚原则，以及侵占罪和虚开增值税发票罪的犯罪构成，可以推断出两者应当数罪并罚。

我的观点：企业实际控制人如果同时犯下侵占罪和虚开增值税发票罪，由于两者侵犯了不同的法益，且不存在通常的手段与目的关系，因此应当对其数罪并罚。这一结论既符合刑法的数罪并罚原则，也符合具体案例的裁判结果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。