职务侵占5000万和虚开增值税发票税额400万，如果这两个行为都构成犯罪，那么会数罪并罚。下面我详细解释一下：

1. 职务侵占罪：职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。职务侵占5000万，显然数额特别巨大，如果证据确凿，构成职务侵占罪，将面临严厉的刑事处罚。

2. 虚开增值税发票罪：虚开增值税发票是指为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票或者用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的行为。虚开增值税发票税额400万，也属于数额特别巨大的情形，如果构成虚开增值税发票罪，同样将面临严重的刑事处罚。

3. 数罪并罚：数罪并罚是指对同一人犯数罪的合并处罚制度。如果职务侵占和虚开增值税发票这两个行为都构成了犯罪，并且不是基于同一个犯罪目的实施的，那么法院在对犯罪嫌疑人进行判决时，会对这两个罪名分别定罪量刑，然后按照数罪并罚的原则，决定最终执行的刑罚。

综上所述，职务侵占5000万和虚开增值税发票税额400万，如果这两个行为都构成犯罪，并且不是基于同一个犯罪目的实施的，那么会数罪并罚。如有更多疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。