结论前置：
详细分析：
首先，我们需要明确的是，我国实行的是“一事不再理”原则，即对于同一案件，一旦经过司法程序作出最终判决，通常就不会再次进行审判。这是为了维护司法判决的权威性和稳定性，避免对同一案件进行重复的司法处理。
一、一般情况下不会再次判决
在虚开案件中，如果案件已经在异地进行了完整的司法程序，包括侦查、起诉、审判等环节，并最终作出了判决，那么通常情况下，公司注册地的司法机关就不会再次对该案件进行审判。这是因为，异地司法机关已经对该案件进行了全面的审查和判断，并作出了具有法律效力的判决。
二、特定情况下可能会介入
然而，也存在一些特定情况，公司注册地的司法机关可能会介入该案件。例如：
涉及共同犯罪：如果虚开案件涉及多个犯罪主体，且这些犯罪主体分散在不同地区，那么不同地区的司法机关可能会根据各自的管辖范围对案件进行审理。在这种情况下，即使异地已经对部分犯罪主体进行了判决，公司注册地的司法机关仍可能对涉及本地的犯罪主体进行审判。
案件有遗漏：如果在异地审判过程中，发现案件存在遗漏的犯罪事实或犯罪主体，那么公司注册地的司法机关可能会根据相关法律规定，对遗漏的部分进行补充审判。
三、法律建议
对于公司而言，如果面临虚开案件的指控，并且案件已经在异地进行了审判，那么公司应该密切关注审判结果，并评估该结果对公司可能产生的影响。如果公司认为审判结果存在不公或遗漏，可以考虑通过法律途径进行申诉或补充审判。但需要注意的是，任何法律行动都应该在专业律师的指导下进行，以确保行动的合法性和有效性。
四、可能的法律后果
如果公司注册地的司法机关确实对已经异地判决的虚开案件进行了再次审判，并且审判结果与异地判决存在差异，那么这可能会引发一系列的法律后果。例如，可能会涉及判决的执行力问题、司法权威性的挑战等。因此，在司法实践中，通常会尽量避免对同一案件进行重复的司法处理。
综上所述，虚开案已在异地判决的情况下，公司注册地通常不会再次判决。但在特定情况下，如涉及共同犯罪或案件有遗漏时，公司注册地的司法机关可能会介入。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。