核心结论：针对原有建筑为违章建筑，购买后无法通过规划和自然资源局（规资）验收的情况，可采取以下措施处理：
确认违章建筑性质及责任主体
首先需明确违章建筑的具体性质（如未取得建设工程规划许可证、超面积建设、改变用途等）及责任主体。若购买时卖方未明确告知建筑违章情况，可能涉及卖方隐瞒或欺诈，买方有权依据《民法典》要求解除合同、返还购房款并主张赔偿。若买方已知悉风险仍购买，则需自行承担部分责任。
与规划部门沟通，争取补办手续
根据《城乡规划法》第六十四条，违章建筑并非一律拆除，若符合规划条件或可通过改正消除影响，可向当地规划和自然资源局申请补办规划许可、施工许可等手续。需准备材料包括：建筑现状测绘图、土地权属证明、补办申请书等。若规划部门同意补办，需按要求缴纳罚款并完成整改。
申请行政复议或提起行政诉讼
若规划部门认定建筑无法补办手续并要求拆除，买方可先申请行政复议（向上一级规划部门或同级政府），复议未果可向法院提起行政诉讼。诉讼中需重点论证：建筑是否属于“无法采取改正措施消除影响”的情形（如严重影响城市规划、占用公共资源等），若能证明可通过整改符合规划，法院可能撤销拆除决定。
协商拆除补偿或置换方案
若建筑确需拆除且无补办可能，可与规划部门或属地政府协商补偿方案。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，若违章建筑系因历史原因形成（如早期政策宽松时期建设），可能获得一定补偿；若为完全违法建设，补偿可能有限，但可争取拆除费用、搬迁补助等。
转让或分割处理以降低损失
若补办手续或诉讼成本过高，可考虑将建筑部分合法区域（如有独立产权部分）与违章部分分割，转让合法部分；或与第三方合作，由第三方负责整改并共享后续收益。需注意分割转让需符合规划及产权登记要求，避免二次违法。
风险提示：违章建筑处理涉及行政处罚、民事赔偿及刑事责任（如严重违反规划且拒不整改可能涉嫌“非法占用农用地罪”等），建议优先通过合法途径补办手续或协商解决，避免激化矛盾。若需进一步分析具体操作步骤或风险点，可直接向我咨询。