针对您提出的“通过工程竣工验收未通过消防验收工程款怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工程竣工验收和消防验收是两个相对独立的环节，但两者都对于建筑物的安全和合规性至关重要。工程竣工验收主要关注建筑的整体质量和功能实现，而消防验收则专注于建筑的消防安全。

一、消防验收的重要性及法规要求

1. 重要性：消防验收是确保建筑在消防安全方面符合国家标准和法规要求的重要环节。未经消防验收或消防验收不合格的建筑，是禁止投入使用的。

2. 法规要求：根据《中华人民共和国消防法》及相关规定，建设工程在竣工后，建设单位需要向住房和城乡建设主管部门申请消防验收（对于特殊建设工程）或进行消防验收备案（对于其他建设工程）。未经消防验收或备案，或者验收、备案不合格的建筑，均不得投入使用。

二、未通过消防验收的影响

1. 无法使用：如上文所述，未经消防验收或验收不合格的建筑是禁止投入使用的。这意味着，即使工程已经通过了竣工验收，但如果消防验收未通过，建筑仍然不能投入使用。

2. 工程款支付问题：在工程合同中，通常会约定工程款的支付条件和时间节点。如果消防验收未通过，可能会影响工程款的支付。具体来说，如果合同中明确约定了消防验收作为工程款支付的前提条件，那么未通过消防验收将直接导致工程款无法按时支付。

三、应对措施

1. 整改并重新申请验收：如果消防验收未通过，建设单位应首先根据验收部门提出的整改意见进行整改，并在整改完成后重新申请消防验收。

2. 与合同对方协商：针对工程款支付问题，建设单位可以与合同对方（如施工单位、设计单位等）进行协商，寻求解决方案。例如，可以协商在整改完成并通过消防验收后再支付工程款，或者就工程款支付问题达成新的协议。

3. 法律途径：如果协商无果，建设单位可以考虑通过法律途径解决工程款支付问题。例如，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求合同对方按照合同约定支付工程款。

四、建议

1. 加强前期管理：在工程建设过程中，建设单位应加强对消防设计和施工的管理，确保消防设施和系统的合规性和有效性。这样可以降低消防验收不通过的风险。

2. 明确合同条款：在签订工程合同时，建议明确约定消防验收作为工程款支付的前提条件，并明确约定整改和重新申请验收的时间和责任。这样可以为后续的工程款支付问题提供明确的法律依据。

综上所述，如果工程竣工验收后未通过消防验收，建设单位需要积极整改并重新申请验收，同时与合同对方协商解决工程款支付问题。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议。