结论：房子审批高度没超但层数超了，一般是不合法的，可能面临行政处罚、要求整改甚至拆除等后果。具体处理方式需根据实际情况，如是否可整改、是否影响规划等，与相关部门协商解决。
一、合法性分析
规划审批的严肃性：
- 房屋建设必须严格按照规划审批的要求进行，包括高度、层数、面积等关键指标。审批通过后，即具有法律效力，建设方必须遵守。
- 如果实际建设层数超过了审批的层数，即使高度没有超标，也违反了规划审批的要求，因此是不合法的。
可能面临的法律后果：
- 行政处罚：相关部门（如规划局、城管局等）有权对违规建设行为进行行政处罚，包括罚款、责令整改等。
- 要求整改：如果违规建设行为不严重，且可以通过整改达到规划要求，相关部门可能会要求建设方进行整改。
- 拆除：如果违规建设行为严重，且无法通过整改达到规划要求，或者建设方拒绝整改，相关部门可能会依法强制拆除违规建筑。
二、处理建议
与相关部门沟通：
- 一旦发现层数超标，应立即与规划、城管等相关部门取得联系，说明情况，并询问具体的处理方式和要求。
- 积极配合相关部门的调查和处理工作，提供必要的资料和证据。
考虑整改方案：
- 如果相关部门要求整改，应尽快制定整改方案，并明确整改的时间和步骤。
- 整改方案应确保能够达到规划审批的要求，避免再次出现违规情况。
寻求法律帮助：
- 如果对相关部门的处理决定有异议，或者认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 在此过程中，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
三、预防措施
严格遵守规划审批要求：
- 在房屋建设前，应仔细研究规划审批的要求，确保建设方案符合规划要求。
- 在建设过程中，应严格按照规划审批的要求进行施工，避免出现违规情况。
加强与相关部门的沟通：
- 在建设过程中，应加强与规划、城管等相关部门的沟通，及时了解规划审批的最新要求。
- 如果出现任何问题或疑问，应及时向相关部门咨询并寻求帮助。
定期进行自查：
- 在建设过程中，应定期进行自查，确保建设方案符合规划要求。
- 如果发现任何问题或违规情况，应立即进行整改，避免问题扩大化。
最后，如果您在房产方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。