规章制度约定加班费按最低工资标准执行，即便员工签字，该约定也不合法。以下从不同角度进行分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
这里的“工资”指的是劳动者在正常工作时间下应得的工资报酬，而非最低工资标准。最低工资标准是劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位应支付的最低劳动报酬，它并不等同于加班工资的计算基数。因此，规章制度中约定加班费按最低工资标准执行，违反了法律的强制性规定，该约定无效。
员工签字角度
虽然员工在规章制度上签字，表示其知晓并同意该制度的内容，但这并不意味着该制度中的所有条款都合法有效。如果规章制度中的某些条款违反了法律的强制性规定，那么这些条款仍然是无效的，不受法律保护。员工签字只是表明其知晓了制度内容，但并不能改变制度中违法条款的性质。
实际操作角度
在实际操作中，如果用人单位按照最低工资标准支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位按照法律规定支付加班费。劳动监察部门或劳动仲裁机构在查明事实后，会责令用人单位限期支付加班费，并可能对其处以罚款等行政处罚。
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