行政判决书中，法院确实应对每份证据阐明是否采纳的理由。这一要求主要基于法律对审判程序公正性和透明度的规定，以下从多个角度进行详细分析：

一、法律要求与审判原则

1. 审判公开原则：根据我国《行政诉讼法》及相关司法解释，审判应当公开进行，确保当事人能够充分了解审判过程和结果。对证据是否采纳的理由进行阐明，是审判公开原则的重要体现，有助于增强审判的透明度和公信力。

2. 程序正当性：法院在审判过程中，必须遵循正当程序原则，确保当事人的诉讼权利得到充分保障。阐明证据采纳与否的理由，是程序正当性的重要要求，有助于当事人理解法院的裁判依据，从而接受并尊重裁判结果。

二、证据规则与裁判文书制作

1. 证据规则：在行政诉讼中，证据的采纳与排除遵循严格的证据规则。法院在裁判文书中，必须明确说明哪些证据被采纳，哪些证据被排除，以及采纳或排除的理由。这有助于确保裁判的公正性和准确性。

2. 裁判文书制作：裁判文书是法院审判活动的最终体现，也是当事人了解审判结果和裁判依据的重要途径。在裁判文书中阐明证据采纳与否的理由，有助于当事人理解法院的裁判思路，从而增强裁判的说服力和可接受性。

三、实践意义与当事人权益保障

1. 保障当事人知情权：阐明证据采纳与否的理由，有助于当事人了解法院在审判过程中对证据的审查和判断，从而保障当事人的知情权。这有助于当事人更好地行使诉讼权利，维护自身合法权益。

2. 促进司法公正：通过阐明证据采纳与否的理由，法院可以展示其审判过程的公正性和透明度，增强当事人对司法公正的信任。这有助于促进司法公正的实现，维护社会稳定和和谐。

四、特殊情况下的处理

虽然一般情况下法院应在裁判文书中阐明证据采纳与否的理由，但在某些特殊情况下，如涉及国家秘密、个人隐私或商业秘密等，法院可能无法详细阐明所有证据的采纳理由。然而，在这种情况下，法院仍应尽可能在保护相关秘密的前提下，向当事人说明裁判的主要依据和理由。

建议：

• 如果您在行政诉讼中遇到法院未阐明证据采纳与否理由的情况，您可以向法院提出异议，要求法院补充说明。
• 如果法院拒绝补充说明或您认为法院的说明不充分，您可以在上诉或申请再审时提出此问题，以维护您的合法权益。

如有任何行政诉讼方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。