结论前置：在物业服务合同由总公司签订，但实际由分公司提供服务的情况下，起诉主体的确定需依据合同相对性原则及分公司是否具有独立诉讼主体资格来判断。一般而言，总公司或分公司均可能成为起诉主体，具体取决于合同履行情况、分公司法律地位及实际诉求。
一、合同相对性原则下的起诉主体
根据合同相对性原则，合同仅对签订合同的双方具有约束力。因此，在物业服务合同由总公司签订的情况下，从合同形式上看，总公司是合同的一方当事人，具有起诉或被起诉的资格。若合同履行过程中出现纠纷，且纠纷内容直接关联合同条款的履行（如服务费用支付、服务标准未达标等），总公司作为合同签订方，有权直接提起诉讼。
二、分公司实际提供服务时的起诉主体
尽管合同由总公司签订，但若实际服务由分公司提供，且分公司具备独立诉讼主体资格（即分公司依法设立并领取营业执照），则分公司亦可能成为起诉主体。这主要基于以下考虑：
实际履行主体：分公司作为实际服务提供者，对服务过程中的具体问题（如服务质量、业主投诉等）有直接的了解和应对经验。若纠纷涉及服务过程中的具体问题，分公司作为实际履行方，提起诉讼可能更为直接和有效。
独立诉讼主体资格：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，依法设立并领取营业执照的分公司，具有独立的诉讼主体资格。这意味着分公司可以以自己的名义参与诉讼，包括提起诉讼和应诉。
三、起诉主体的选择建议
根据纠纷性质选择：若纠纷主要涉及合同条款的履行（如服务费用、服务期限等），且分公司不具备独立诉讼主体资格或总公司希望直接掌控诉讼进程，建议由总公司提起诉讼。若纠纷主要涉及服务过程中的具体问题（如服务质量、业主投诉处理等），且分公司具备独立诉讼主体资格，建议由分公司提起诉讼。
考虑诉讼效率与成本：在选择起诉主体时，还需考虑诉讼效率与成本。若分公司具备独立诉讼主体资格且对纠纷情况更为熟悉，由分公司提起诉讼可能更为高效且成本更低。反之，若总公司希望统一处理类似纠纷或分公司不具备独立诉讼主体资格，则由总公司提起诉讼可能更为合适。
四、特殊情况下的处理
若分公司未依法设立或未领取营业执照，则不具备独立诉讼主体资格。在此情况下，无论实际服务由谁提供，均应由总公司作为起诉主体。因为分公司未依法设立或未领取营业执照，意味着其不具备独立的法律地位，无法以自己的名义参与诉讼。
总结与建议：在物业服务合同由总公司签订但实际由分公司提供服务的情况下，起诉主体的确定需综合考虑合同相对性原则、分公司法律地位及实际诉求。若您面临此类纠纷，建议根据具体情况选择合适的起诉主体，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。