电动车店铺非法改造的处罚，主要由交通管理部门负责执行。以下是对此问题的详细分析：
一、处罚部门
电动车店铺非法改造的行为，通常涉及对电动车结构、构造或特征的擅自改变，这种行为违反了《中华人民共和国道路交通安全法》及相关地方性法规。因此，交通管理部门是负责对此类行为进行处罚的主要部门。他们有权对非法改装的电动车进行查处，并对店铺进行相应的行政处罚。
二、处罚措施
罚款：
- 根据相关法律法规，对非法改装电动车的行为，交通管理部门可以处以警告或者一定金额的罚款。罚款的具体金额可能因地区而异，但通常会在一定范围内，如50元至200元不等。
扣留车辆：
- 对于存在严重安全隐患的非法改装电动车，交通管理部门有权依法扣留车辆。扣留车辆的目的在于确保车辆不再上路行驶，从而消除安全隐患。
责令恢复原状：
- 被查处的非法改装电动车，店铺或车主需按照要求将车辆恢复至出厂时的原始状态。这包括拆除加装的车棚、车厢、座位等装置，以及恢复限速装置、脚踏骑行功能等。
其他处罚：
- 如果非法改装行为导致交通事故或其他严重后果，店铺或车主还可能承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任。此外，对于多次违法或拒不改正的店铺，交通管理部门可能会采取更严厉的措施，如吊销相关经营许可等。
三、法律依据
- 《中华人民共和国道路交通安全法》：该法明确禁止拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，以及改变非机动车质量、制动器、外形尺寸和其他影响非机动车安全性能的行为。电动车作为非机动车的一种，其非法改装行为同样受到该法的约束。
- 地方性法规：各地根据实际情况制定了具体的电动车管理规定，明确了非法改装行为的处罚标准和执行细则。这些地方性法规为交通管理部门提供了具体的执法依据。
四、建议与风险提示
- 合规经营：电动车店铺应严格遵守相关法律法规，不得进行非法改装行为。合规经营不仅有助于维护市场秩序，还能避免不必要的法律风险。
- 及时整改：如果店铺已经存在非法改装行为，应尽快进行整改，将车辆恢复至原始状态。同时，应积极配合交通管理部门的调查和处理工作。
- 法律风险：非法改装行为不仅可能导致罚款、扣留车辆等行政处罚，还可能引发民事赔偿责任和刑事责任。因此，店铺应高度重视法律风险，避免因小失大。
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