对于电动摩托车经营性改装，主要由市场监督管理部门进行处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与处罚部门
根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。电动摩托车作为机动车的一种，其经营性改装行为同样受到法律的严格限制。当电动摩托车存在经营性改装行为时，这一行为通常会被视为违反了市场监管的相关规定，因为改装可能涉及到产品质量、安全标准等方面的问题。因此，市场监督管理部门作为负责市场监管和行政执法的部门，有权对电动摩托车经营性改装行为进行查处和处罚。
二、处罚的具体情形与措施
非法改装行为：如果电动摩托车被非法改装，例如更改了发动机、车架等关键部件，或者改变了车辆的外形、尺寸等，这些行为都可能被视为非法改装。市场监督管理部门在发现此类行为时，会依法对改装者进行处罚，包括罚款、没收违法所得、责令恢复原状等。
经营性改装行为：对于以营利为目的的电动摩托车改装行为，市场监督管理部门会特别关注。因为这种行为不仅可能违反市场监管规定，还可能涉及消费者权益保护、产品质量安全等多个方面。一旦发现经营性改装行为，市场监督管理部门会依法进行严厉处罚，以维护市场秩序和消费者权益。
三、其他相关部门的职责与协作
虽然市场监督管理部门是电动摩托车经营性改装行为的主要处罚部门，但其他相关部门如公安机关交通管理部门也可能在特定情况下参与处罚。例如，如果改装后的电动摩托车存在严重的安全隐患或者违反了交通管理规定，公安机关交通管理部门可能会依法对其进行查处。此外，消防部门也可能在涉及电动摩托车火灾隐患的改装行为中发挥作用。
四、法律建议与风险提示
遵守法律法规：电动摩托车所有者或经营者应严格遵守相关法律法规，不得进行非法改装或经营性改装行为。
了解改装规定：在进行电动摩托车改装前，应了解相关改装规定和标准，确保改装行为合法合规。
选择正规改装店：如果确实需要进行改装，应选择具有合法资质和良好信誉的正规改装店进行改装，以确保改装质量和安全。
承担法律责任：如果因非法改装或经营性改装行为而受到处罚，应积极配合相关部门的调查和处理工作，并承担相应的法律责任。
如果您在电动摩托车经营性改装方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。