门店非法改装车辆，主要由公安机关交通管理部门进行处罚。以下是详细分析：

1. 公安机关交通管理部门的职责与处罚措施：

   • 路面执法：交警在日常巡逻和检查中，有权对非法改装车辆进行查处，重点关注车辆外观、声响等明显的非法改装迹象。
   • 处罚措施：一旦发现非法改装车辆上路行驶，交警可以依法扣留车辆，责令恢复原状，并根据情节轻重处以罚款。具体罚款金额根据改装行为的性质和严重程度而定，可能包括警告或二百元以下罚款（如改变车身颜色、更换发动机、车身或车架未办理变更登记），也可能面临500元以下罚款（如排气管道、后导流翼等改装），甚至500元至1000元罚款（如改变轮毂尺寸）。若改变了已登记的车辆结构、构造或特征，罚款金额可达200元以上2000元以下。

2. 其他相关管理部门的职责：

   • 虽然门店非法改装车辆的主要处罚部门是公安机关交通管理部门，但交通运输管理部门、市场监督管理部门以及车管所也承担着一定的监管职责。
   • 交通运输管理部门：对于从事道路运输经营的车辆，若存在非法改装行为（如超限超载运输、私自改装内部结构等），交通运输管理部门有权依据相关法规进行处罚。
   • 市场监督管理部门：主要负责对生产、销售非法改装车辆及相关零部件的行为进行监管。若发现有企业或商家生产、销售未经许可或不符合国家标准的车辆改装部件，市场监督管理部门可以依法查处。
   • 车管所：负责机动车的登记工作，包括变更登记等。对于需要改变使用性质、车身颜色、车身或车架等的机动车，车主应向车管所申请变更登记。车管所与公安机关交通管理部门共同管理非法改装车辆，确保车辆符合国家标准和规定。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条第一项规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。
   • 《机动车登记规定》第十条规定，已注册登记的机动车需要改变使用性质、车身颜色、车身或车架等时，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记。

建议与总结：

• 门店作为车辆改装的服务提供者，应严格遵守相关法律法规，不得进行非法改装行为。
• 车主在选择改装服务时，也应选择具有合法资质和良好信誉的门店，确保改装行为合法合规。
• 若发现门店存在非法改装行为，公众可以向公安机关交通管理部门进行举报，共同维护道路交通的安全与秩序。

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