协商解除劳动合同时，劳动补偿金的扣缴义务单位是需要进行申报的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律义务角度
根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分则需要按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》的有关规定，计算征收个人所得税。因此，单位作为扣缴义务人，有义务对这部分收入进行申报，以确保税收的合法性和准确性。
二、申报流程与要求
申报时间：单位应在发放经济补偿金的同时，或者在经济补偿金发放后的规定时间内（具体时间可能因地区而异，需遵循当地税务部门的规定），进行个人所得税的申报。
申报内容：申报时，单位需要提供经济补偿金的发放金额、发放时间、发放对象等相关信息，以及计算应纳税额所需的各项数据。
申报方式：单位可以通过电子税务局等在线平台进行申报，也可以前往当地税务部门的办税服务厅进行现场申报。具体申报方式需遵循当地税务部门的规定。
三、未申报的法律后果
如果单位未按照规定进行申报，可能会面临以下法律后果：
税务处罚：税务部门有权对未按照规定进行申报的单位进行税务处罚，包括罚款、加收滞纳金等。
影响单位信誉：未按照规定进行申报可能会影响单位的信誉和形象，对单位未来的经营和发展产生不利影响。
法律责任：在严重情况下，单位及其相关责任人员可能会因未履行税务申报义务而承担法律责任。
四、建议与注意事项
及时了解政策：单位应及时了解并掌握相关的税收政策和申报要求，以确保经济补偿金的发放和申报符合法律规定。
完善内部管理：单位应建立健全的内部管理制度，明确经济补偿金的发放和申报流程，确保各项工作的顺利进行。
咨询专业意见：如果单位对经济补偿金的申报存在疑问或不确定的地方，可以咨询专业的税务机构或律师，以获取准确的法律意见和指导。
如有任何关于劳动工伤或经济补偿金申报的疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律解答和建议。