结论：卖方是否需要赔偿两万，取决于独家代理合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。若合同中有明确约定且该约定不违反法律法规，则卖方可能需要按约定赔偿；若无明确约定或约定违法，则卖方可能无需赔偿或需按法定标准赔偿。
一、合同约定的角度
独家代理合同的法律效力：
- 独家代理合同是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定时，具有法律效力。
- 合同中关于定金、违约金或赔偿金的条款，若明确且合理，通常对双方具有约束力。
定金与违约金的关系：
- 定金是合同履行的一种担保方式，通常不超过合同总金额的20%。
- 若合同中同时约定了定金和违约金，当一方违约时，另一方可以选择适用定金条款或违约金条款，但通常不能同时主张两者（除非合同有特别约定或法律有特别规定）。
- 在本案例中，中介仅交了1000元定金，但合同中可能约定了卖方违约时需赔偿两万。这需要看合同具体条款，若该约定是双方真实意思表示且不违法，则卖方可能需要按约定赔偿。
赔偿金额的合理性：
- 赔偿金额应当合理，不得过分高于实际损失。
- 若合同中约定的赔偿金额（如两万）远高于中介因卖方违约所遭受的实际损失，卖方可以主张调整赔偿金额。
二、法律法规的角度
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》合同编的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
定金罚则：
- 根据《民法典》的规定，收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。
- 但本案例中涉及的是卖方违约，且中介是定金支付方，所以定金罚则可能不直接适用于卖方赔偿两万的情形。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 仔细审查独家代理合同中的定金、违约金或赔偿金条款，确认卖方违约时是否需要赔偿两万。
评估实际损失：
- 评估中介因卖方违约所遭受的实际损失，以判断合同中约定的赔偿金额是否合理。
协商与诉讼：
- 若卖方认为赔偿金额过高或不合理，可以与中介协商调整。
- 若协商无果，中介或卖方可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据合同约定和法律规定作出裁决。
举例说明：假设独家代理合同中明确约定，若卖方违约，需向中介支付两万元作为赔偿。同时，合同中还约定了1000元作为定金。若卖方确实违约，且中介因卖方违约遭受了实际损失（如错过了其他购房者的购买机会等），则卖方可能需要按合同约定向中介支付两万元赔偿。但若中介的实际损失远低于两万元，卖方可以主张调整赔偿金额。
总结与建议：在处理此类纠纷时，建议首先审查合同条款，明确双方的权利和义务。若合同中有明确约定且该约定不违反法律法规，则按约定处理；若无明确约定或约定违法，则需根据法律法规和实际情况进行协商或诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。