员工离职后，公司在特定情况下仍然可以追究其在职期间的责任。以下是对此问题的详细分析：

一、责任追究的法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》：该法规定，劳动者在履行劳动合同过程中因故意或重大过失给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。这一条款为公司在员工离职后追究其在职期间的责任提供了法律基础。
2. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：该法规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，公司在发现员工在职期间存在问题后，需在一年内通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。

二、责任追究的具体情形

1. 违反保密义务：如果员工在职期间违反了与公司签订的保密协议，泄露了公司的商业秘密或其他敏感信息，公司可以在员工离职后追究其法律责任。例如，员工将公司的客户名单、技术资料等泄露给竞争对手，给公司造成了经济损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。
2. 侵犯知识产权：员工在职期间创作的作品、发明的专利等知识产权通常归公司所有。如果员工离职后擅自使用或转让这些知识产权，公司可以追究其侵权责任。
3. 未完成工作交接：员工离职时应当按照公司的规定完成工作交接手续。如果员工未按规定完成工作交接，导致公司业务受损，公司可以要求员工承担相应的责任。
4. 违法违纪行为：如果员工在职期间存在违法违纪行为，如贪污受贿、挪用公款等，即使离职后，公司也有权向相关部门举报并追究其法律责任。
5. 竞业限制违约：对于负有竞业限制义务的员工，如果在离职后违反了竞业限制约定，到与原公司有竞争关系的单位工作或从事相关业务，原公司可以追究其违约责任。

三、责任追究的方式与注意事项

1. 协商解决：在发现员工存在问题后，公司可以尝试与员工进行协商解决。通过沟通，双方可以就责任承担方式、赔偿金额等达成一致意见。这种方式相对灵活，且有助于维护双方的关系。
2. 法律途径：如果协商无果，公司可以通过法律途径来维护自己的权益。这包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向法院提起诉讼等方式。在采取法律途径时，公司需要收集充分的证据来证明员工的过错行为以及由此造成的损失。
3. 证据收集：在追究员工责任的过程中，证据收集至关重要。公司需要收集合同文件、工作记录、电子邮件、证人证言等证据，以证明员工的过错行为以及由此造成的损失。这些证据将有助于公司在仲裁或诉讼中维护自己的权益。
4. 时效性问题：需要注意的是，劳动争议案件存在一定的时效性。根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年（从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算）。因此，公司在发现问题后应及时采取措施，避免错过追究责任的时机。

建议：公司在发现员工在职期间存在问题后，应及时与员工进行沟通，并尝试通过协商解决。如果协商无果，公司应尽快收集证据，并通过法律途径来维护自己的权益。同时，公司也应加强内部管理，完善相关制度，以减少类似问题的发生。

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