公司申请的工伤认定书下来后，公司仍然可以申请注销，但必须依法完成清算程序，不能借此逃避工伤赔偿责任。以下是对此问题的详细分析：

一、公司注销的合法性

1. 依法清算：公司在注销前，必须按照法律规定进行清算，包括清算债权债务、处理公司财产等。这是公司注销的法定程序，也是保障债权人和其他利益相关者权益的重要环节。

2. 不得逃避责任：公司不能通过注销来逃避已经认定的工伤赔偿责任。如果公司试图通过注销来规避责任，将可能面临法律制裁，包括但不限于被要求重新承担赔偿责任、支付罚款等。

二、工伤职工的权益保障

1. 清算时的权益处理：公司在清算时，应当预留足够的资金用于支付工伤职工的赔偿费用。如果清算时未依法处理工伤赔偿，工伤职工有权要求清算组成员承担赔偿责任。

2. 股东或第三人的责任：如果公司未经依法清算即办理注销登记，且股东或第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，那么工伤职工可以要求这些股东或第三人承担工伤赔偿责任。

3. 法律途径维权：工伤职工可以通过协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自己的权益。如果发现公司有恶意注销的迹象，工伤职工应及时收集证据，以便在维权过程中占据有利地位。

三、实际操作建议

1. 关注公司动态：工伤职工应密切关注公司的动态，包括公司的经营状况、注销进展等。一旦发现公司有异常行为，如突然停止经营、转移财产等，应及时采取措施。

2. 及时收集证据：在维权过程中，证据是至关重要的。工伤职工应尽可能收集与工伤认定、公司注销相关的证据，如工伤认定书、公司注销公告、清算报告等。

3. 寻求法律帮助：如果工伤职工在维权过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助工伤职工更好地维护自己的权益。

总结来看，虽然公司可以在工伤认定书下来后申请注销，但必须依法完成清算程序并妥善处理工伤职工的权益。工伤职工也应积极关注公司动态、及时收集证据并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。