结论：当公司规章制度中涉及保守机密的要求严重损害劳动者权益时，劳动者可通过协商、投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自身权益。
具体分析：
明确权益受损情况：
- 首先，劳动者需要明确规章制度中哪些条款损害了自身权益，例如是否涉及超时加班、不支付加班费、违法扣减工资、限制人身自由或侵犯隐私等。
- 收集相关证据，如规章制度文本、工作记录、工资单、沟通记录等，以证明权益受损的事实。
与公司协商：
- 劳动者可以尝试与公司进行协商，表达对规章制度中不合理条款的关切，并提出修改建议。
- 协商过程中，保持冷静和理性，以事实为依据，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉举报：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报公司的违法行为。
- 劳动监察部门将依法进行调查，并根据调查结果对公司进行相应的处罚或要求整改。
申请劳动仲裁：
- 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决公司撤销或修改损害劳动者权益的规章制度。
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。
- 在诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来支持自己的主张。
注意事项：
- 在维护自身权益的过程中，劳动者应遵守法律法规，不得采取过激行为或违法手段。
- 劳动者应了解自己的权益和义务，以及相关的法律法规和政策，以便更好地维护自身权益。
- 如果劳动者对法律程序不熟悉或担心自己无法有效维护权益，可以寻求法律援助或咨询专业律师（当然，您现在就可以直接向我咨询相关法律问题）。
额外建议：
- 劳动者在入职前应仔细阅读公司的规章制度，了解其中涉及自身权益的条款。
- 如果发现规章制度中存在不合理或违法的条款，劳动者可以及时向公司提出异议或寻求法律帮助。
- 劳动者应保留好与工作相关的所有证据和记录，以便在需要时证明自己的权益。