核心结论：农村工程若未履行“四议两公开”程序且未签订合同，法院在处理时，会结合工程性质、资金来源、实际履行情况及双方过错程度，综合判断合同效力及责任承担，可能认定合同无效但要求按实际履行结算，或因程序瑕疵影响责任分配。以下是具体分析：

1. “四议两公开”程序缺失的法律后果

• 程序性质：“四议两公开”（党支部提议、两委商议、党员大会审议、村民代表会议决议，决议公开、实施结果公开）是农村基层民主管理的重要制度，主要规范村级重大事项决策流程。若工程涉及村集体资金或公共利益，未履行该程序可能构成程序违法，但不一定直接导致合同无效。
• 法院审查重点：法院会优先审查工程是否属于“必须经过四议两公开”的范围（如使用村集体资金、涉及村民重大利益）。若属于，程序缺失可能被认定为管理瑕疵，影响村集体内部责任追究，但对外（如与承包方）的合同效力需结合其他因素判断。

2. 未签订合同的法律后果

• 合同效力：根据《民法典》，合同可采用书面、口头或其他形式。若工程已实际履行（如施工、付款），法院可能认定双方存在事实合同关系，但缺乏书面合同可能导致权利义务不明确，增加举证难度。
• 举证责任：双方需提供证据证明实际履行情况（如施工记录、付款凭证、证人证言等）。若无法证明，法院可能按公平原则或过错责任分配损失。

3. 法院处理原则

• 合同效力判断：
  • 若工程未履行“四议两公开”但属于村集体自主决策范围（如使用村办企业资金），法院可能认定程序瑕疵不影响合同效力；
  • 若工程涉及政府财政资金或必须招标项目，未履行法定程序可能导致合同无效。
• 责任承担：
  • 合同有效时，按约定分配责任；
  • 合同无效时，法院可能根据实际履行情况（如工程质量、已付款项）判决折价补偿或过错赔偿（如一方故意隐瞒程序要求导致合同无效）。

4. 实务建议

• 对承包方：保留施工记录、验收单、付款凭证等证据，证明实际履行情况；若因程序问题导致工程款未结清，可主张按实际投入补偿。
• 对村集体：若程序缺失导致合同无效，需承担内部管理责任（如对相关人员追责），但对外可能需按过错程度赔偿承包方损失。

总结：法院处理此类案件时，会综合程序合法性、合同实际履行情况及双方过错，可能认定合同有效但程序违法需追责，或合同无效但按实际履行结算。建议双方优先协商解决，若协商不成，需及时固定证据并委托律师介入。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。