在复议机关以重复申请为由不予受理复议申请的情况下，当事人起诉被告的选择应依据具体情况来确定，主要有以下两种途径：
直接起诉原行政行为：
- 法律依据：根据《行政诉讼法》的相关规定，如果复议机关未受理复议申请或未作出复议决定，且法律未规定行政复议为前置程序，当事人可以直接对原行政行为提起行政诉讼。这是因为可能对当事人合法权益造成侵害的，实质上仍是原行政机关的行政行为或者不作为。
- 法律效果：直接起诉原行政行为有利于从根本上解决行政争议，法院将对原行政行为的合法性进行认定和处理。
起诉复议机关不作为：
- 法律依据：若当事人坚持认为复议机关应当受理其复议申请，而复议机关以重复申请等理由不予受理，当事人可以以复议机关不作为为由提起诉讼。
- 法律效果：起诉复议机关不作为的直接诉求是要求人民法院撤销不予受理复议申请的决定。撤销该决定后，复议机关将需要对原行政行为的合法性作出认定和处理。但需注意，撤销不予受理复议申请决定的效果，并不直接等同于复议机关改变了原行政行为，而是促使复议机关重新进行复议程序。
在选择起诉途径时，当事人需注意以下法律后果和原则：
- 一事不再理原则：当事人不能同时直接起诉原行政行为和起诉复议机关不作为，否则将违反一事不再理原则，造成人民法院和复议机关的重复劳动。
- 司法最终原则：行政复议和行政诉讼应当是一种先后关系，不能针对同一个争议同时进行这两种法律程序。司法最终原则决定了行政争议的最终解决应通过司法途径进行。
针对当前问题的建议：
- 当事人应首先评估原行政行为对其合法权益的影响程度，以及复议机关不予受理决定的合理性。
- 如果认为原行政行为存在明显违法或不当之处，且复议机关的不予受理决定缺乏依据，可以选择直接起诉原行政行为。
- 如果认为复议机关应当受理其复议申请，且复议程序可能更有利于解决争议，可以选择起诉复议机关不作为。
在做出选择前，建议当事人充分了解相关法律规定和诉讼风险，必要时可寻求专业法律人士的帮助，以确保自身权益得到有效维护。如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。