合同中指定第三方法院管辖权条款无效后，主合同本身的效力不受影响，主合同仍然有效。以下从不同角度为您详细分析：
一、管辖权条款与主合同效力的独立性
管辖权条款的性质：管辖权条款是合同中关于争议解决方式的约定，它并不直接涉及合同的主要权利义务内容。因此，即使管辖权条款无效，也不会影响合同其他条款的效力。
主合同效力的独立性：主合同的效力取决于其是否满足法律规定的生效要件，如当事人是否具有相应的民事行为能力、意思表示是否真实、合同内容是否合法等。只要主合同满足这些要件，即使其中的管辖权条款无效，主合同仍然有效。
二、管辖权条款无效的可能原因及影响
无效原因：管辖权条款可能因违反法律强制性规定（如指定了无管辖权的法院）或违背公序良俗而无效。但这种无效性仅限于管辖权条款本身，不会波及主合同。
对主合同的影响：由于管辖权条款与主合同在效力上的独立性，因此管辖权条款的无效不会导致主合同的无效。当事人仍需按照主合同的约定履行各自的义务，并承担相应的法律责任。
三、实际案例与法律适用
在实际案例中，法院通常会区分管辖权条款与主合同的效力。即使管辖权条款被认定为无效，法院也会根据主合同的约定和法律规定来审理案件，并作出相应的判决。这进一步证明了管辖权条款的无效不会影响主合同的效力。
四、建议与注意事项
审查合同条款：在签订合同时，当事人应仔细审查合同条款，特别是管辖权条款，确保其合法有效。如果发现管辖权条款存在问题，应及时与对方协商修改。
保留证据：在合同履行过程中，当事人应妥善保管与合同相关的证据材料，以备在发生争议时能够证明自己的主张。
寻求法律帮助：如果当事人对合同条款或争议解决方式存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
结论：合同中指定第三方法院管辖权条款无效后，主合同仍然有效。当事人应继续按照主合同的约定履行各自的义务，并承担相应的法律责任。如果您在合同方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。