针对您提出的“员工只是微信通知要离职但是不按照公司提离职流程怎么办”的问题，我们可以从法律和实际操作两个层面来详细分析。
首先，从法律层面来看，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者提前30日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这里的“书面形式”并不仅限于传统的纸质书面文件，根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条以及最高人民法院的相关解释，电子数据交换、电子邮件、即时通信（如微信）等方式，只要能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用，都视为书面形式。因此，员工通过微信提出辞职，在法律上是可以被认定为书面辞职的。
然而，尽管微信辞职在法律上有效，但员工仍应遵循公司规定的离职流程。这包括但不限于提前通知、填写离职申请表、进行工作交接等。如果员工仅通过微信通知离职而未按照公司流程办理，这可能会给公司带来管理上的困扰和工作上的不便。
针对这种情况，公司可以采取以下措施：
与员工沟通：首先，公司应与员工进行沟通，明确告知其离职应遵循的流程和规定，以及未按规定办理可能带来的后果。
要求员工补办手续：如果员工已经通过微信表达了离职意愿，但尚未按照公司流程办理，公司可以要求员工补办相关手续，如填写离职申请表、进行工作交接等。
依据规章制度处理：如果员工拒绝补办手续或未按规定时间离职，公司可以依据内部规章制度进行相应处理，如扣发工资、要求赔偿损失等。但需要注意的是，公司在处理时应确保规章制度合法有效，并保留好相关证据材料。
法律途径：如果员工的行为给公司造成了重大损失，且公司无法通过内部途径解决，公司还可以考虑通过法律途径来维护自身权益，如提起劳动争议仲裁或诉讼等。
综上所述，尽管微信辞职在法律上有效，但员工仍应遵循公司规定的离职流程。公司应通过与员工沟通、要求补办手续、依据规章制度处理以及必要时采取法律途径等方式来维护自身权益。