劳动合同丢失，但持有第二次劳动合同，通常不会对劳动仲裁产生实质性阻碍。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、劳动合同并非唯一证据

在劳动仲裁中，劳动合同虽然是证明劳动关系存在及具体权利义务的重要文件，但它并非不可或缺的唯一证据。即使第一次的劳动合同丢失，只要您能持有第二次的劳动合同，这依然可以作为证明您与用人单位之间存在劳动关系的有力证据。因为第二次劳动合同的签订，本身就意味着双方对劳动关系的再次确认。

二、可替代的证据材料

除了劳动合同外，您还可以通过其他多种证据来证明劳动关系的存在，这些证据包括但不限于：

1. 工资支付凭证或记录：如银行工资流水明细、工资条等，这些能清晰显示用人单位定期向您支付工资的情况。
2. 社保缴纳记录：由社保部门出具的社保缴纳明细，证明了用人单位为您缴纳社会保险的事实。
3. 工作证、服务证等证件：这些由用人单位发放的证件上标有您的姓名、工作岗位、部门等信息。
4. 考勤记录：无论是纸质考勤表还是电子考勤记录，都能反映您的出勤情况。
5. 其他劳动者的证言：同事的证言也能在一定程度上帮助确认劳动关系。

三、公司备份与补救措施

1. 公司可能有备份：由于劳动合同通常是一式两份，用人单位和劳动者各执一份，因此您可以尝试要求用人单位提供其保存的劳动合同副本用于仲裁。
2. 协商与请求协助：如果除劳动合同外，其他能证明劳动关系的证据不足或难以获取，您可以尝试与用人单位协商，获取劳动合同的复印件或其他相关证明文件；也可以向用人单位所在地的劳动监察部门反映情况，请求协助调查和取证。

四、仲裁机构的综合判断

在仲裁过程中，您可以向仲裁庭说明第一次劳动合同丢失的情况，并提供第二次劳动合同以及上述其他相关证据。仲裁庭会根据双方提供的所有证据进行综合判断，以确定劳动关系的存在和双方的权利义务。只要有充分的证据证明劳动关系，仲裁庭就会依法进行处理。

五、注意仲裁时效

申请劳动仲裁的时效期限为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，在第一次劳动合同丢失的情况下，您应尽快收集其他相关证据，并在规定时效内提出仲裁申请，以确保自己的权益得到及时保护。

总结与建议：

• 劳动合同丢失并不影响您申请劳动仲裁的资格和权利，关键在于提供其他有效证据来证明劳动关系的存在及相关的劳动争议情况。
• 建议您积极收集并利用其他相关证据来证明劳动关系的存在和主张自己的权益。
• 同时，注意仲裁时效的限制，确保在规定时间内提出仲裁申请。

如果您在劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。