针对“事实不清证据不足的民事赔偿，法院会立案吗”这一问题，结论是：法院通常会立案，但立案后原告可能面临败诉风险。 以下是详细分析：
一、法院立案的标准与证据的关系
在民事诉讼中，法院立案主要进行形式审查，而非实质审查。这意味着，法院在决定是否立案时，主要关注的是原告的诉讼请求是否满足法定的形式要求，如原告是否与案件有直接利益关联、是否提供了明确的被告信息、是否提出了具体的诉讼请求并包含了事实依据及合理的法律理由等。只要这些形式要求得到满足，即使证据存在不足，法院通常也会决定立案。
二、证据不足对案件审理的影响
虽然证据不足不会影响法院的立案决定，但它对案件的后续审理和判决结果有着至关重要的影响。在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的举证责任原则。如果原告未能提交足够充分的证据来支撑其诉讼主张，那么原告可能会面临败诉的风险。因为法官需要依据双方提交的证据进行综合审查判断，以认定事实并适用法律作出裁判。如果原告的证据不足以使法官对其主张的事实形成内心确信，那么原告就可能承担不利的法律后果。
三、证据不足时的维权建议
尽力收集补充证据：在起诉前，原告应尽可能搜集和整理与案件相关的证据材料。这包括但不限于与对方沟通协商的记录、证人证言、物证、书证等。通过这些证据，可以更好地证明自己的主张，提高胜诉的几率。
合理运用举证责任分配规则：根据“谁主张，谁举证”的一般原则，原告应明确自身主张对应的举证责任。同时，如果某些事实对方更有能力举证，原告可以主张由对方承担举证责任。这有助于在证据不足的情况下，仍然能够维护自己的合法权益。
借助专业法律程序：如果原告因客观原因无法收集某些证据，如银行账户信息等，可以向法院提出申请，请求法院调查取证。此外，原告还可以申请证据保全，以防止证据灭失或以后难以取得。通过这些方式，可以逐步完善证据链条，更好地维护自身合法权益。
四、特殊情况下的考虑
虽然证据不足通常会导致败诉风险增加，但在某些特殊情况下，证据相对不足的一方仍有胜诉可能。例如，如果对方没有有力反驳证据，或者虽然证据不足但符合举证责任倒置情形，且对方不能完成举证义务，那么证据相对不足的一方仍有可能获得法院的支持。然而，这种情况相对较少见，且需要具体的法律分析和证据支持。
总结来看，事实不清证据不足的民事赔偿案件，法院通常会立案。但立案后，原告应尽力收集补充证据，合理运用举证责任分配规则，并借助专业法律程序来维护自己的合法权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。