在法院阶段，如果案件事实不清、证据不足，法院会根据不同的诉讼程序和相关法律规定，依法进行审理并作出相应的判决或裁定。以下是从刑事诉讼、民事诉讼和行政诉讼三个角度的详细分析：

1. 刑事诉讼

• 侦查阶段： 若公安机关认为案件事实不清、证据不足，会继续补充侦查或撤销案件。如果犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放。这是为了保障犯罪嫌疑人的合法权益，避免无辜者受到不必要的羁押。

• 审查起诉阶段： 人民检察院在审查案件时，如果认为需要补充侦查，可以退回公安机关或自行侦查。补充侦查以二次为限，且每次应在一个月内完成。对于二次补充侦查后仍证据不足的案件，人民检察院应作出不起诉决定，确保案件质量，避免冤假错案。

• 审判阶段：

  • 一审：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》，若合议庭认为证据不足，不能认定被告人有罪，应作出无罪判决。这是“疑罪从无”原则的体现，即在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，应推定被告人无罪。
  • 二审：第二审人民法院对上诉、抗诉案件，如认为原判决事实不清楚或证据不足，可以查清事实后改判，或裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。但原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，再上诉的，第二审人民法院不得再发回重审，以确保案件得到及时、公正的裁决。

2. 民事诉讼

• 一审： 在民事诉讼中，遵循“谁主张、谁举证”的原则。若原告提供的证据不足以证明其主张，法院可能判决驳回其诉讼请求。同样，如果被告提出抗辩但证据不足，法院也会综合全案证据作出判决。这要求当事人在诉讼过程中积极举证，以支持自己的主张。

• 二审： 第二审人民法院对上诉案件，如认为原判决认定基本事实不清，可以裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或查清事实后改判。这体现了二审法院对一审法院判决的监督和纠正职能，确保案件得到公正、准确的裁决。

3. 行政诉讼

• 一审： 在行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任。若被告不提供或无正当理由逾期提供证据，视为没有相应证据。被诉行政行为事实不清、证据不足的，法院一般判决撤销或部分撤销，并可判决被告重新作出行政行为。这要求行政机关在作出行政行为时，必须确保事实清楚、证据充分，以维护行政行为的合法性和公信力。

• 二审： 与民事诉讼类似，若发现原判决认定事实不清、证据不足，二审法院可以裁定撤销原判，发回重审或查清事实后改判。这同样体现了二审法院对一审法院判决的监督和纠正职能，确保行政案件得到公正、准确的裁决。

总结与建议：

在法院阶段，如果案件事实不清、证据不足，法院会根据不同诉讼程序和相关法律规定，依法进行审理并作出相应的判决或裁定。对于当事人而言，在诉讼过程中应积极举证，以支持自己的主张。如果案件涉及复杂法律问题或证据收集困难，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。