在政府授权行政机关签订行政协议的情况下，若发生纠纷，被告的确定需根据具体情况来分析：

1. 以被授权行政机关为被告：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，当行政机关在法定职权范围内实施行政行为时，若该行为引发争议，通常以实施该行为的行政机关为被告。在政府授权行政机关签订行政协议的场景中，若授权明确且行政机关在授权范围内行事，那么因该协议产生的纠纷，被告应为被授权的行政机关。
   • 实例说明：假设某市政府授权其下属的市交通局签订一份关于城市交通设施建设的行政协议。若协议履行过程中出现争议，如协议条款解释、履行义务等，那么提起行政诉讼时，被告应为市交通局。

2. 以授权机关为被告（特定情形）：

   • 法律依据：虽然一般情况下以被授权行政机关为被告，但存在特殊情形。若授权不明确，或者被授权行政机关在超出授权范围行事，且该行为被认定为无效或违法，那么可能以授权机关为被告。此外，若行政协议涉及重大公共利益，且授权机关对协议内容有实质性影响，也可能在特定情况下成为被告。
   • 实例说明：若某市政府授权某部门签订一份行政协议，但授权书中未明确具体权限范围，导致该部门在签订协议时超出了其原有职权。若因此引发纠纷，且法院认定该部门行为无效或违法，那么被告可能为市政府，因为授权不明确导致了行政行为的越权。但这种情况较为特殊，需具体案件具体分析。

3. 共同被告的情形：

   • 法律依据：在某些复杂情况下，可能涉及多个行政机关的共同行为或相互影响，导致被告的确定变得复杂。若政府授权行政机关签订行政协议，但协议履行过程中涉及多个行政机关的协作或监管，且这些机关的行为均对协议结果产生影响，那么可能将这些机关列为共同被告。
   • 实例说明：假设某市政府授权其环保局与一家企业签订环保治理协议，但协议履行过程中需要市财政局提供资金支持，且市住建局负责相关设施的建设监管。若协议未能如期履行，且原因涉及多个机关的行为，那么提起行政诉讼时，可能将环保局、财政局和住建局列为共同被告。

法律建议：

• 在签订行政协议前，应明确授权范围、权限及责任，以避免后续纠纷。
• 若发生纠纷，应首先分析授权文件的明确性、行政机关的行为是否超出授权范围等因素，以确定合适的被告。
• 鉴于行政诉讼的复杂性，建议在发生纠纷时及时咨询专业律师，以便更准确地确定被告并维护自身权益。

可能法律后果：

• 若被告确定不当，可能导致诉讼程序受阻或诉讼结果不利。
• 错误的被告选择可能增加诉讼成本和时间成本，甚至影响最终权益的维护。

因此，在政府授权行政机关签订行政协议的情况下，若发生纠纷，被告的确定需综合考虑授权文件的明确性、行政机关的行为性质及法律后果等因素。如有具体法律问题，可直接向我咨询。