结论前置：在工厂上班时，若因违规员工操作导致死亡，赔偿问题需根据是否认定为工亡以及工厂是否存在管理过错来综合判断。若认定为工亡，则按《工伤保险条例》赔偿；若未认定为工亡但工厂有过错，工厂需承担相应民事赔偿责任。
一、工亡认定与赔偿
工亡认定：
- 根据《工伤保险条例》，即使在违规操作的情况下，只要职工是在工作时间和工作场所内，因工作原因（包括违规操作）受到事故伤害导致死亡，一般应视同工伤。
- 工厂需按规定向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
赔偿项目：
- 丧葬补助金：6个月的统筹地区上年度职工月平均工资。
- 一次性工亡补助金：上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍。
- 供养亲属抚恤金：按月发放给由因工死亡职工生前提供主要生活来源且无劳动能力的亲属，标准根据亲属关系和死者工资确定。
二、非工亡但工厂有过错的情况
过错判断：
- 若死亡事故虽由员工违规操作直接导致，但工厂存在管理不善、未提供充分安全培训或劳动保护等过错，工厂仍需承担一定责任。
赔偿内容：
- 工厂需根据其过错程度，承担医疗费、护理费、丧葬费、死亡赔偿金以及精神损害抚慰金等民事赔偿责任。
- 具体赔偿数额需根据实际损失、当地经济水平及工厂过错程度等因素综合确定。
三、处理流程与建议
- 申请工伤认定：首先应由工厂或死者家属向社会保险行政部门申请工伤认定。
- 协商或诉讼：若认定为工亡，按工伤保险规定赔偿；若未认定为工亡但工厂有过错，双方可协商赔偿；协商不成时，可通过法律途径解决争议。
我建议：在处理此类赔偿问题时，应充分考虑工厂的管理责任和员工的违规操作行为，并依据相关法律法规进行公正、合理的赔偿。同时，工厂也应加强安全管理，提高员工安全意识，预防类似事故的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。