核心结论：两兄弟自建房一人一层，合同需明确产权归属、使用权限、费用分担、维护责任及违约处理等关键条款，以确保双方权益。以下为具体合同撰写要点及示例条款。

一、合同撰写要点

1. 明确产权归属

   • 需在合同中明确每层房屋的产权归属（如一层归A，二层归B），并注明是否共同拥有土地使用权或仅分层独立所有。
     
   • 若涉及宅基地，需符合《土地管理法》中“一户一宅”原则，避免产权纠纷。

2. 使用权限与限制

   • 规定每层的使用范围（如居住、出租、商业用途等），禁止对方擅自占用或改造。
     
   • 明确公共区域（如楼梯、庭院）的使用规则及维护责任。

3. 费用分担

   • 列明建房成本（材料、人工、设计等）的分摊比例，建议按层分配或按出资比例分配。
     
   • 约定后续维修、物业、水电等费用的分担方式。

4. 维护与修缮责任

   • 区分个人层与公共部分的维护责任（如个人层漏水由该层所有者负责，公共管道堵塞由双方共同承担）。
     
   • 约定维修通知义务及响应时限。

5. 违约与争议解决

   • 明确违约情形（如未按时出资、擅自改变用途等）及违约责任（如赔偿损失、收回使用权）。
     
   • 约定争议解决方式（如协商、诉讼或仲裁）。

二、示例合同条款

第一条 产权归属
1.1 甲方拥有本自建房第一层（含附属庭院）的独立产权，乙方拥有第二层的独立产权。
1.2 土地使用权由双方共同享有，但不得单独转让或抵押。

第二条 使用权限
2.1 甲方仅可在第一层范围内居住或出租，不得占用第二层空间。
2.2 公共楼梯、屋顶等区域由双方共同使用，任何一方需提前24小时通知对方进行维修或改造。

第三条 费用分担
3.1 建房总成本为人民币XX万元，甲方承担60%（XX万元），乙方承担40%（XX万元），于合同签订后7日内支付。
3.2 后续物业费、水电费按实际使用量分摊，公共区域维修费由双方均摊。

第四条 维护责任
4.1 个人层内设施（如水管、电路）由所有者自行维护。
4.2 公共区域维修需双方协商，费用均摊；若一方拒绝维修导致损失，需承担赔偿责任。

第五条 违约责任
5.1 若一方未按时出资，需按日0.5%支付违约金，逾期超过30日，另一方有权解除合同并要求赔偿。
5.2 争议解决：双方应优先协商；协商不成，提交房屋所在地人民法院诉讼解决。

三、注意事项

1. 合法性审查：合同需符合《民法典》合同编及地方自建房管理规定，避免无效条款。
   
2. 公证与登记：建议对合同进行公证，并办理产权登记（如可能），以增强法律效力。
   
3. 动态调整：可约定定期（如每5年）复核合同条款，适应家庭或法律变化。

如有具体条款或法律适用问题，可直接向我咨询，我将结合地方政策提供详细解答。