针对您提出的“合同签的是三班两倒，现在改成两班倒了，怎么申请劳动仲裁”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，企业变更工时制度（如从三班两倒改为两班倒）确实涉及到劳动者的切身利益，且这种变更需要与劳动者进行充分的协商。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，如果企业未经与劳动者协商或协商不一致就擅自变更工时制度，劳动者是有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益的。
接下来，我为您详细梳理一下申请劳动仲裁的具体步骤：
与用人单位沟通：
- 在发现工时制度变更后，您应首先尝试与用人单位进行沟通，明确表达您对工时制度变更的异议和担忧。
- 沟通时，可以要求用人单位提供变更工时制度的合理依据，并尝试协商找到一个双方都能接受的解决方案。
向企业劳动争议调解委员会申请调解：
- 如果与用人单位的沟通没有取得满意的结果，您可以向企业内部的劳动争议调解委员会申请调解。
- 调解委员会会组织双方进行调解，努力达成一个和解协议。
准备相关证据：
- 如果调解无果，您需要开始准备向劳动仲裁委员会提起仲裁申请所需的相关证据。
- 证据可以包括但不限于：劳动合同（证明您与用人单位的劳动关系及原工时制度）、工时记录（证明实际工作时间与合同不符）、与用人单位的沟通记录（证明您已表达异议）等。
向劳动仲裁委员会提起仲裁申请：
- 在准备好相关证据后，您可以向当地的劳动仲裁委员会提起仲裁申请。
- 申请时，需要填写仲裁申请书，并附上相关证据材料。
- 劳动仲裁委员会会受理您的申请，并安排开庭审理。
参与仲裁过程并等待结果：
- 在仲裁过程中，您需要积极参与，陈述自己的诉求和理由，并提供证据支持。
- 仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，作出仲裁裁决。
最后，我想强调的是，申请劳动仲裁是维护自己合法权益的一种有效方式。但在申请前，建议您尽量与用人单位进行充分的沟通和协商，看是否能够通过协商解决问题。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。同时，在申请过程中，也要确保自己提供的证据充分、有力，以支持自己的诉求。