职务侵占款项已归还后，是否仍会被起诉需结合具体情节判断，结论如下：

1. 职务侵占罪的公诉性质决定起诉可能性

职务侵占罪属于公诉案件，由公安机关立案侦查、检察院审查起诉、法院审判。即使行为人已退还侵占款项，司法机关仍可能依法追究刑事责任。退还行为仅作为量刑时的从轻情节，不影响案件定性及起诉程序。

法律依据：
《刑法》第二百七十一条规定，公司、企业或其他单位人员利用职务便利侵占财物，数额较大的，处五年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可并处没收财产。
关键点：退还财物不改变犯罪构成，仅影响量刑幅度。

2. 情节轻微时可能不起诉

若职务侵占行为情节显著轻微（如数额接近立案标准下限、未造成严重后果），且行为人主动退还财物、认罪悔罪，检察院可能依据《刑事诉讼法》第十六条作出酌定不起诉决定。

实务标准：

• 数额较大：一般指1万元以上（部分地区为5000元至2万元）。
  
• 数额巨大：通常为10万元以上。
  示例：
  
• 甲侵占公司1.2万元后全额退还，且无其他恶劣情节，检察院可能不起诉。
  
• 乙侵占公司15万元后退还，虽从轻处罚，但仍可能被起诉并判处刑罚。

3. 数额巨大或情节严重时必然起诉

若侵占数额达到“数额巨大”标准，或存在多次侵占、伪造证据、阻碍侦查等情节，即使退还财物，检察院仍会提起公诉，法院将根据具体情节判处刑罚。

量刑规则：

• 数额较大：五年以下有期徒刑或拘役。
  
• 数额巨大：五年以上有期徒刑，可并处没收财产。
  示例：
  
• 丙侵占公司50万元后退还，法院可能判处五年有期徒刑。
  
• 丁侵占公司8万元但拒不认罪，即使退还，仍可能被起诉并从重处罚。

4. 退还财物的法律意义

退还财物是犯罪嫌疑人悔罪表现的重要体现，司法机关在量刑时会予以考量。根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，主动退赃可减少基准刑的30%以下。

实务建议：

• 及时退还：在立案前退还并取得单位谅解，可能避免刑事立案。
  
• 配合调查：退还后如实供述罪行，争取从宽处理。
  
• 民事赔偿：若单位提起刑事附带民事诉讼，需承担赔偿责任。

5. 特殊情形：立案前退还

若在公安机关立案前退还财物，且单位出具谅解书不追究刑事责任，公安机关可能不立案或撤案。但若单位坚持追究，或退还后仍存在其他犯罪行为，司法机关仍会启动程序。

风险提示：

• 退还财物不等于“免罪金牌”，需结合其他情节综合判断。
  
• 单位谅解书仅影响量刑，不改变犯罪性质。

总结建议

1. 若数额较小、情节轻微：退还财物并争取单位谅解，可能避免起诉。
   
2. 若数额巨大或情节严重：退还财物仅能减轻处罚，仍需承担刑事责任。
   
3. 实务步骤：
   
   • 立即退还侵占财物；
     
   • 主动向公安机关投案自首；
     
   • 委托律师介入，争取从轻或减轻处罚。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。