结论前置：老板是否应该罚员工1000元，不能简单一概而论，需结合具体情况判断，以下从不同角度分析：

1. 从劳动合同及规章制度角度
   • 如果快递店有明确且合法的规章制度，规定员工发送违禁品需承担相应罚款责任，且该规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会讨论等），并向员工进行了公示或告知，员工也签字确认知晓该规定。在这种情况下，老板依据规章制度对员工处以1000元罚款有一定的合理性。但罚款金额是否恰当，还需看规章制度中对于此类违规行为罚款的具体标准。如果规定就是发送违禁品罚款1000元，那么从规章制度执行角度，老板可以这样做。
   • 若快递店没有相关规章制度，或者规章制度制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知员工等），老板直接对员工罚款1000元就缺乏依据，属于违法行为。员工有权拒绝这种不合理的罚款要求。
2. 从过错程度角度
   • 如果员工是故意发送违禁品，比如明知是违禁品还为了个人利益等原因进行发送，给快递店带来了较大损失（如被相关部门处罚2000元就是损失体现），且员工的行为与损失之间存在直接因果关系。在这种情况下，老板要求员工承担部分责任，罚款1000元相对合理，但也要考虑员工的承受能力等因素。
   • 如果员工是因为疏忽大意等非故意原因发送了违禁品，比如没有仔细检查货物等。此时老板直接罚款1000元可能过重，应该先对员工进行批评教育等，根据实际情况酌情处理，比如适当警告或者少量罚款等。
3. 从法律对罚款的限制角度
   • 根据相关法律规定，用人单位并非可以随意对员工进行罚款。除了员工给用人单位造成直接经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失外，一般不能随意设定罚款项目和金额。即使员工发送违禁品给公司造成了2000元罚款损失，公司要求员工赔偿损失时，赔偿金额也应以实际损失为限，并且要综合考虑员工的过错程度等因素，不能随意确定罚款1000元这样具体的金额。如果公司罚款行为违反法律规定，员工可以通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。