结论：公司以在吸烟区超过一分钟为由罚款200元，一般不合理且可能违法，但需结合具体情况分析。以下是具体分析：

1. 公司罚款的合法性前提

根据《劳动合同法》及相关司法解释，用人单位无权自行设定罚款制度。只有法律明确授权的情形（如违反安全生产规定、造成公司重大损失等），且需通过合法程序（如民主协商、公示告知）后，才能对员工进行经济处罚。
若公司未通过合法程序制定罚款规则，或罚款依据缺乏法律依据，则该行为可能被认定为违法。

2. “吸烟区超时”罚款的合理性问题

• 规则合理性：公司可规定吸烟区使用时间（如避免影响工作效率），但罚款金额需与违规行为性质匹配。200元罚款是否过高，需结合公司损失、员工收入等因素判断。
  
• 程序合法性：即使公司有权制定规则，也需通过民主程序（如职工代表大会讨论）并公示给员工，否则规则无效。
  
• 证据充分性：公司需证明员工确实“超时”（如监控记录、计时设备），且超时行为直接导致公司损失（如影响生产、引发安全隐患等）。若无法证明，罚款可能被撤销。

3. 员工可采取的维权措施

若认为罚款不合理，员工可：

• 与公司协商：要求公司出示罚款依据、程序文件及证据。
  
• 向劳动监察部门投诉：若公司无法提供合法依据，可向当地劳动保障监察大队举报。
  
• 申请劳动仲裁：以“公司违法扣除工资”为由，要求返还罚款并赔偿损失。

4. 例外情形

若公司罚款依据为地方性法规（如某些地区规定公共场所吸烟可处罚），或员工严重违反公司规章制度（如多次超时、引发纠纷等），则可能部分支持罚款。但需具体分析法规适用性和程序合法性。

建议：

1. 核查公司是否通过合法程序制定罚款规则；
   
2. 要求公司出具罚款依据和证据；
   
3. 若认为违法，可保留证据（如罚款通知、工资条）并维权。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。