结论：因为员工休息时间在工作区抽烟就罚两千块钱，这一做法是否合理，需结合具体情况判断，一般情况下，若公司规章制度无明确规定且罚款数额不合理，则该处罚可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法合理：公司有权制定规章制度来管理员工，但这些制度必须符合法律法规的规定，且内容应当合理。如果公司规章制度中明确规定了在工作区抽烟的处罚措施，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权依据该规定对员工进行处罚。
罚款数额的合理性：即使公司规章制度中有相关规定，罚款的数额也应当合理。两千元的罚款对于员工休息时间在工作区抽烟这一行为来说，可能显得过高。一般来说，罚款的数额应当与违规行为的性质、情节以及造成的后果相适应。
二、法律法规的角度
劳动法的相关规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司对员工进行罚款应当有明确的法律依据，并且罚款的数额不得超过法定标准。如果公司没有明确的法律依据或者罚款数额超过了法定标准，那么该处罚可能不合法。
具体罚款标准的缺失：目前，我国法律法规并没有明确规定员工在工作区抽烟应罚款的具体数额。因此，公司在制定规章制度时，应当结合实际情况，合理确定罚款数额，并确保该数额不违反法律法规的强制性规定。
三、实际操作中的建议
审查公司规章制度：员工在面临此类处罚时，首先应当审查公司的规章制度，确认其中是否有关于在工作区抽烟的处罚规定，以及该规定是否合法合理。
与公司协商沟通：如果员工认为公司的处罚不合理，可以与公司进行协商沟通，表达自己的观点和诉求，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：如果协商沟通无果，员工可以寻求法律援助，咨询专业律师的意见，了解自己的权益和可能的维权途径。
额外提醒：作为员工，应当遵守公司的规章制度，尊重公司的管理权。同时，公司也应当依法制定规章制度，合理行使管理权，保障员工的合法权益。如果遇到类似问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议。