针对您提出的关于“农村2008年前建的农村厂房且与政府机构有项目合同是否算违章以及如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、关于是否算违章

1. 法律背景：

   • 在2008年之前建造的建筑物，其是否构成违法建设，主要取决于是否具备完整的土地使用权证明文件，以及是否符合当时的土地利用总体规划。
   • 自2008年1月1日起，我国开始实行新的《城乡规划法》，该法成为判断城市和农村地区建筑物是否属于违法建设的主要依据。但在此之前的建筑物，需参照当时的法律法规进行判断。

2. 具体判断：

   • 如果您的农村厂房是在2008年之前首次建造或改扩建完成的，并且拥有完整的土地使用权证书（或相关职能部门已对该土地使用权进行明确确认），或者是通过合法途径（如招拍挂）取得的土地使用权，那么该厂房通常不会被认定为违章建筑。
   • 此外，您提到与政府机构有项目合同，这在一定程度上也可能作为合法建设的依据，但具体还需看合同内容是否符合当时的法律法规和土地利用规划。

二、关于如何处理

1. 收集证据：

   • 如果您的厂房被质疑为违章建筑，首先应积极收集相关证据，包括土地使用权证书、建设工程规划许可证（如有）、与政府机构的项目合同等。

2. 申请行政复议或提起诉讼：

   • 如果您收到了拆除通知或其他相关文件，认为其存在错误或不合理之处，可以申请行政复议或提起诉讼，以维护自己的合法权益。

3. 维持房屋现状：

   • 在问题未得到妥善解决之前，应尽力维持厂房的现状，避免不必要的财产损失。

4. 征询专业法律顾问意见：

   • 鉴于此类问题的复杂性和法律性，建议您征询专业法律顾问的意见，以便更准确地判断厂房的合法性，并制定相应的应对策略。

5. 关注政策动态：

   • 农村地区的土地利用和建设政策可能会随着时间和形势的变化而调整，因此您应关注相关政策动态，以便及时了解并适应新的要求。

三、特别提醒

• 尽管您的厂房可能是在2008年之前建造的，并且拥有一定的合法依据，但仍需注意是否符合当前的土地利用总体规划和城乡规划要求。如果当前规划对您的厂房有新的要求或限制，您可能需要考虑进行相应的调整或改造。
• 与政府机构的项目合同虽然重要，但并不能完全保证厂房的合法性。您仍需确保厂房的建设符合当时的法律法规和土地利用规划要求。

综上所述，对于您提出的农村2008年前建的农村厂房且与政府机构有项目合同是否算违章以及如何处理的问题，关键在于是否具备完整的土地使用权证明文件、是否符合当时的土地利用总体规划以及是否拥有合法的建设依据。在处理过程中，建议您积极收集证据、申请行政复议或提起诉讼、维持房屋现状并征询专业法律顾问的意见。