针对您提出的“违反协议农村建房怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
在处理农村违反协议建房（即违建）的问题时，我们需要遵循一系列明确且合法的步骤，以确保问题的妥善解决。这首先涉及到对违建定义的准确理解，以及违建情形的准确识别。
一、违建定义及常见情形
违建，指的是未经批准或违反法律法规擅自建造的建筑物或构筑物。在农村地区，常见的违建情形包括但不限于：未批先建、少批多建（即超出宅基地审批面积进行建设）、私自加层、改变建筑用途等。这些行为都违反了相关的法律法规和政策要求。
二、处理违建的法律依据
处理农村房屋违建问题，我们必须依据《土地管理法》、《城乡规划法》等相关法律法规和政策文件。这些法律明确了建房的标准、程序以及违规建设的法律责任，为我们处理违建问题提供了有力的法律支撑。
三、对于违建当事人的建议
自查与整改：
- 如果您发现自己存在违建行为，应立即停止建设行为，并对照当地农村建房法规政策进行自查。
- 如确定属于违建，您应根据具体情况进行拆除或整改。例如，超出宅基地审批面积的部分应予以拆除。
- 对于轻微违建，如建房高度略微超出标准，在符合整体规划且不影响他人权益的前提下，您可以向相关部门申请补办手续或接受处罚后保留建筑。
配合调查处理：
- 当相关部门介入调查时，您应积极配合，提供建房相关材料，并如实说明情况。
- 按照要求的时间和方式进行整改或接受处罚，以确保问题的妥善解决。
四、对于发现违建的其他村民的建议
了解情况与沟通：
- 如果您发现其他村民存在违建行为，首先应冷静了解违建的具体情况，尝试与违建当事人进行友好沟通，询问其是否有合法审批手续。
合法举报：
- 如确定属于违建且对自身权益造成影响，或违反村集体规划、公共利益，您可以向村委会或乡镇政府的相关管理部门进行举报。
- 举报时需提供准确信息及相关证据，如照片等，以便相关部门进行调查处理。
五、对于相关管理部门的职责
调查认定：
- 接到举报或巡查发现违建后，相关部门应及时开展调查，现场勘查核实建房是否取得合法审批手续。
- 测量房屋数据，与审批文件比对，确定违建的具体情形。
责令整改与处罚：
- 根据违建严重程度和具体情况，相关部门应向违建当事人下达责令整改通知书，明确整改要求、期限及后果。
- 对拒不整改或情节严重的违建行为，依法进行罚款、没收违法建筑等处罚。
- 如违建严重影响乡村规划且无法改正，可责令限期拆除；逾期不拆除的，依法组织强制拆除，并确保程序合法，保障当事人权益。
六、预防未来违建的措施
- 在建造房屋前，您应充分了解并遵守相关法律法规和政策要求，确保建房行为的合法性。
- 按照规定程序进行审批和报备，避免未经批准擅自建设。
- 加强监管和自查自纠机制，及时发现并纠正可能存在的问题，预防未来违建的发生。
综上所述，处理农村违反协议建房的问题需要综合考虑法律法规、政策要求和实际情况。各方应保持冷静理性，依法依规操作，确保问题得到妥善解决，并采取措施预防未来违建的发生。希望以上解答能对您有所帮助。