结论：门窗尾款不付，双方协议同意拆除是否合法，需视具体情况及协议内容而定。若协议内容合法且不违反公序良俗，双方自愿达成，则一般合法；若协议存在违法情形或违反公序良俗，则可能不合法。

分析：

1. 协议合法性：

   • 首先，要确认双方达成的拆除协议是否合法。协议内容必须遵守国家法律法规，不得违反公序良俗。例如，协议中不能包含非法占有、故意毁坏财物等违法行为。
   • 若协议内容合法，且双方是在平等、自愿的基础上达成的，那么该协议通常具有法律效力。

2. 尾款不付与拆除的关系：

   • 尾款不付是合同纠纷的一种表现，而拆除门窗可能是双方对纠纷解决的一种约定方式。关键在于这种约定是否合法、合理，并且是否得到了双方的认可。
   • 如果拆除门窗是双方协商一致的结果，且不违反法律法规和公序良俗，那么这种行为可以视为双方对合同纠纷的一种合法解决方式。

3. 可能存在的法律风险：

   • 尽管双方可能达成了拆除协议，但如果拆除过程中造成了他人财产损失或人身伤害，拆除方可能需要承担相应的法律责任。
   • 此外，如果拆除的门窗属于共有部分或涉及其他业主的权益，那么拆除行为可能受到限制或需要获得相关业主的同意。

4. 建议：

   • 在达成拆除协议前，建议双方充分沟通，明确各自的权利和义务，确保协议内容合法、合理。
   • 如果可能的话，可以请专业律师对协议进行审查，以确保其合法性和有效性。
   • 在拆除过程中，应遵守相关法律法规和安全规范，确保拆除行为不会造成不必要的损失或伤害。

后续行动建议：

• 如果双方对拆除协议存在争议或无法达成一致，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如诉讼或仲裁。
• 在处理此类纠纷时，建议保留相关证据，如合同、协议、沟通记录等，以便在需要时提供证明。

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