公司以员工不签署含有违法条款的员工手册为由解除劳动合同，这一行为是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、员工手册中的违法条款无效

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度不得违反法律、行政法规的规定，否则无效。

若员工手册中包含违法条款，如违反最低工资标准、加班费支付规定、社会保险缴纳规定等，这些条款自始无效。员工有权拒绝签署含有此类违法条款的员工手册，且其拒绝签署的行为并不构成违反公司规章制度或劳动合同的情形。

二、公司解除劳动合同的违法性

1. 解除依据不合法：公司以员工不签署含有违法条款的员工手册为由解除劳动合同，缺乏合法依据。因为员工手册中的违法条款本身无效，员工拒绝签署是合法的自我保护行为。

2. 解除程序不合法：即使员工手册中的条款合法，公司解除劳动合同也应当遵循法定程序，如提前通知、说明理由、听取员工意见等。若公司未遵循这些程序，其解除行为同样违法。

3. 违法解除的后果：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位违法解除或者终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这意味着，如果公司违法解除劳动合同，您有权要求公司支付双倍的经济补偿作为赔偿。

三、员工的应对策略

1. 保留证据：员工应保留好员工手册、解除劳动合同通知书等相关证据，以备后续维权之需。

2. 协商解决：员工可以尝试与公司进行协商，要求公司撤销违法解除的决定，并恢复劳动关系或支付相应的赔偿。

3. 申请劳动仲裁：若协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担违法解除劳动合同的法律责任。

4. 提起诉讼：对劳动仲裁结果不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。

综上所述，公司以员工不签署含有违法条款的员工手册为由解除劳动合同是违法的。员工有权拒绝签署此类违法条款，并在公司违法解除劳动合同时采取相应的法律措施进行维权。如果您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。