私自处理公司废品，公司一般不能直接以此为由扣工资，但需视具体情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、公司规章制度的角度

1. 规章制度合法性：

   • 如果公司有明确的规章制度，规定员工不得私自处理公司废品，并且该规章制度已经通过合法程序（如职工代表大会讨论、公示等）制定并告知员工，那么员工违反此规定可能构成违纪。
   • 然而，即便员工违纪，公司也不能随意扣工资。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有法律、法规规定或者双方约定的情况。

2. 违纪处理程序：

   • 如果员工私自处理废品构成违纪，公司应按照规章制度规定的程序进行处理，如警告、罚款（但罚款金额需合法合理，且不得超过当月工资的20%）等，而不是直接扣工资。
   • 直接扣工资可能违反劳动法规定，因为扣工资通常需要有明确的法律依据或双方约定。

二、劳动法的角度

1. 工资支付原则：

   • 根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。
   • 私自处理公司废品并不直接构成公司扣工资的合法理由。

2. 损失赔偿：

   • 如果员工私自处理废品给公司造成了经济损失，公司可以要求员工赔偿。但赔偿方式应合法合理，通常是通过法律途径（如诉讼）要求员工承担赔偿责任，而不是直接扣工资。
   • 即便需要赔偿，赔偿金额也应与实际损失相符，且不得超过员工当月工资的合理比例。

三、实际操作建议

1. 沟通协商：

   • 如果公司发现员工私自处理废品，建议首先与员工进行沟通协商，了解原因并寻求解决方案。
   • 通过沟通协商，可以避免不必要的法律纠纷，同时维护良好的劳动关系。

2. 依法处理：

   • 如果员工拒绝沟通或协商无果，公司应依法处理此事。可以依据规章制度对员工进行纪律处分，但处分方式应合法合理。
   • 如果员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以通过法律途径要求员工承担赔偿责任。

3. 完善制度：

   • 为避免类似事件再次发生，公司应完善相关规章制度，明确废品处理流程和责任归属。
   • 同时，加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。

总结来说，私自处理公司废品并不直接构成公司扣工资的合法理由。公司应依法依规处理此类事件，通过沟通协商、依法处分或法律途径等方式解决问题。如果您或公司在此方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。